Zona Inti Situs Liyangan merupakan area yang memberikan pelindungan utama pada bagian terpenting Cagar Budaya, yaitu situs dan lingkungannya. Zona inti ditetapkan sesuai batas asli situs, yang ditentukan berdasarkan:
- Batas sebaran temuan arkeologis berupa artefak, fitur, ekofak dll, baik yang diperoleh dari hasil temuan permukaan maupun dari hasil ekskavasi. [1]
- Gejala geografis yang masih dapat diamati di lapangan, seperti aliran sungai yang membelah Situs Liyangan, yaitu Sungai/Kali Langit yang mengalir dari selatan ke utara. Selain itu beberapa sungai kecil/musiman di sisi barat yang bermuara di Sungai/Kali Langit. Juga bekas sungai yang tersingkap akibat adanya aktivitas penambangan galian C/tambang pasir, yang kemudian menjadi pemisah antar situs yang diduga merupakan satu kesatuan budaya. Selain itu adanya jalan setapak akses menuju kebun tembakau dari arah timut ke barat daya di bagian timur situs.
- Batas Kepemilikan dan penguasaan lahan menjadi salah satu pertimbangan yang dapat digunakan, baik lahan yang telah dibebaskan oleh BPCB Jateng, Pemda Temanggung, lahan yang dimiliki perangkat desa.
- Kebutuhan ruang untuk pengamanan dan meminimalisir ancaman situs secara keseluruhan, untuk menjaga nilai penting dan bagian yang terpenting Situs Liyangan. Adanya aktivitas penambangan pasir di sisi selatan ke timur Situs Liyangan—dengan perkembangan perluasan area penggalian 1,5 Ha per tahun dihitung sejak 2014 sampai dengan 2015, menyisahkan tebing-tebing galian dengan ketinggian 6 sampai 25 meter dari permukaan tanah—akan menjadi ancaman bahaya longsor. Temuan terdekat dari tebing hasil galian di sisi timur adalah talud dan jalan boulder, yang berjarak 33 meter dari tebing galian. Talud boulder paling atas di sisi barat berjarak 19 meter dari tebing hasil galian, dan temuan di sisi selatan berjarak 60 meter dari tebing hasil galian berupa struktur bangunan dan arang kayu. Ancaman terbesar adalah luapan aliran Sungai Kali Langit yang membelah Situs Liangan. Luapan dari sungai ini membanjiri dan merendam tinggalan yang ada di dalamnya. Hal ini disebakan oleh alur dan dinding sungai yang sangat dekat dengan situs, hanya berjarak ± 1 sampai dengan 22 meter dari temuan terdekat.
Perkembangan luasan area penambangan pasir pada 2014–2015 yang mengancam kelestarian Situs Liyangan. - Rencana tata ruang yang ditetapkan dalam peraturan daerah nomor 1 tahun 2010 tentang rencana tata ruang wilayah Kabupaten Temanggung pada 2011–2031. Situs Liyangan dimasukkan ke dalam Kawasan Cagar Budaya bersama dengan Candi Pringapus dan Candi Gondo Suli di Kecamatan Ngadirejo, namun luas dan batas-batasnya belum disebutkan secara spesifik. Di dalam aturan tersebut juga disebutkan taman wisata antara lain: sumber air Sungai Progo di jumprit Kecamatan Ngadirejo; Kawasan Lindung Geologi di Kabupaten Temanggung, khususnya di Kecamatan Ngadirejo, dengan luas 2.342 Ha; Kawasan Lindung di luar kawasan hutan seluas 12.635 Ha di Kecamatan Ngadirejo, Kawasan Hutan Produksi 3.155 Ha, dan Kawasan Peruntukan Perikanan 7.141 Ha.
- Kebutuhan ruang pandang terhadap Situs Liyangan secara keseluruhan untuk menampilkan nilai penting dan bagian yang terpenting. Perpaduan tinggalan arkeologis dengan lansekap di sekitarnya sangat membutuhkan ruang yang lebih luas untuk mengapresiasi secara utuh situs tanpa adanya halangan, baik secara vertikal maupun horizontal.
Dari hasil di atas kemudian ditentukan batas zona inti seluas 8,12 Ha dengan batas-batas:
- Utara: Batas lahan dan Sungai Kali Langit;
- Timur: Batas Kepemilikan Lahan Masyarakat dan Jalan Setapak/Jalan Desa;
- Selatan: Batas Kepemilikan Lahan Masyarakat, Jalan Setapak/Jalan Desa dan Sungai Kali Langit; dan
- Barat: Batas Kepemilikan Lahan Masyarakat. (Albert&Tim)
[1] Pada 2000 Balai Arkeologi Yogyakarta melakukan ekskavasi; pada 2009 melakukan survei intensif di sekitar area temuan; pada 2010–2011 melakukan survei dan ekskavasi; pada 2012–2013 melakukan ekskvasi dan pada 2014 melakukan ekskavasi dan konservasi dengan melibatkan Balai Konservasi Borobudur. Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Tengah melakukan ekskavasi penyelamatan pada 2010 sampai dengan 2013. Kemudian melakukan pendataan dan ekskvasi penyelamatan pada 2014. Hasil survei permukaan oleh tim delineasi menemukan dua umpak batu di sisi barat Sungai/Kali langit, dan temuan singkapan jalan boulder di sisi timurlaut Candi 1. Dari beberapa hasil penelitian dan kegiatan pelestarian ditemukan titik terjauh sebaran temuan pada sisi utara adalah lokasi temuan fragmen rangka manusia berjarak 77 meter dari Candi 1; di sisi barat barat daya ditemukan batu balok di Sungai/Kali Langit berjarak 340 meter dari Candi 1; di sisi selatan dari Candi 1 ditemukan balok batu berjarak 127 meter (titik terjauh); dan lokasi terjauh adalah lokasi penemuan tulang, arang di atas jalan boulder batu, dan talud boulder berjarak 100 meter dari Candi 1.
