1. Nilai Penting Sejarah
Benteng-benteng asing—yang berada di kanan kiri situs kraton dan mencerminkan arti penting khususnya kota dan Kerajaan Tidore—merupakan bentuk kekuatan rakyat Tidore dan kearifan Sultan Saifuddin. Benteng-benteng ini, di samping dimanfaatkan oleh Spanyol, juga oleh Sultan pada saat pemerintah Hindia-Belanda. Oleh karena kearifan dan kebijaksanaan Sultan Saifuddin dalam berdiplomasi, yang seharusnya benteng ini akan dihancurkan oleh Belanda, akhirnya batal dan diserahkan kepada Sultan. Lokasi masjid kerajaan juga menjadi saksi kebesaran Kesultanan Islam Tidore untuk wilayah Indonesia Timur. Kebesaran ini ditunjang lagi sebagai bagian dari kerajaan maritim Keraton yang dilengkapi dengan dermaga kerajaan.
Sebagai bagian dari kawasan Kraton Tidore secara keseluruhan pasti dibuat dengan melalui perhitungan yang cermat dari berbagai segi. Situs Kraton Tidore dan lingkungannya tidak dapat dilepaskan dari peran Sultan Saifuddin. Pada masa sultan ini berkuasa di pindahkanlah pusat Kerajaan Tidore dari Toloa ke Soa Sio. Pada masa kekuasaanya Tidore dapat merehabilitasi wilayahnya menjadi kerajaan yang penting. Wilayahnya selain di Pulau Tidore juga ke seberang laut yang utuh dan mendapat legalitas dari pemerintah Belanda. Pada masa pemerintahannya Sultan Saifuddin tidak pernah meminta bantuan ke pihak asing. Kemandirian pemerintahannya disebabkan strategi pemerintahannya yang sangat bagus, yaitu hubungan ke luar menggunakan politik pragmatis sementara strategi internal menjunjung tradisional yaitu mempertahankan hubungan antar wilayah sebagai satu kesatuan politik di bawah Kerajaan Tidore. Kawasan situs kraton merupakan bukti sejarah pemerintahannya yang tercatat sebagai pemangku pemerintahan yang sangat berhasil.
2. Nilai Penting Ilmu Pengetahuan
Bentuk tata kota kuno khususnya dari masa Islam di Indonesia tidak ada habisnya untuk dikaji, demikian juga dengan Kota Tidore. Kajian-kajian ilmu pengetahuan mengenai Tidore akan menjadi semakin membuka wawasan bagi ilmu pengetahuan bahwa Kota Tidore dengan wilayah Soa Sio menunjukkan kearifan seorang raja yang mengayomi rakyatnya dalam pembangunannya. Tidak hanya perhitungan fisik yang diperhatikan, tetapi juga filosofi kraton dang lingkungan kota menjadi perhitungan yang cermat. Dari keunikan ini, maka tidak ada habisnya berbagai ilmu seperti Arkeologi, Sejarah, Arsitektur, Filsafat, dan Pariwisata Budaya untuk menelaah lebih lanjut.
3. Nilai Penting Kebudayaan
Kawasan kraton ini juga menjadi penanda kawasan yang dapat memberikan kekhasan karakter Kota Tidore masa lalu. Lokasi situs dermaga, kraton, masjid dan Dusun Gura Bunga merupakan satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan secara filosofi. Lokasi situs dermaga, kraton, masjid dan Dusun Gura Bunga yang terletak di ketinggian gunung membentuk poros imajiner yang secara filosofi sebagai manifestasi terhadap sebutan bahwa Raja-raja Tidore yang selalu menyebut Kie ma-Kolani (Raja Gunung). Identitas kultural ini harus dijaga sehingga siapapun akan menghargai poros imajiner ini baik sekarang maupun ke depan. Visi kultural ini akan membentuk proses pembelajaran bagi generasi mendatang mengenai sebuah identitas kultural.
4. Nilai Eknomi.
Kawasan Kraton Tidore sebagai warisan budaya yang menggambarkan budaya setempat secara langsung ataupun tidak langsung memiliki nilai ekonomi. Salah satu pemanfaatannya adalah parisiwata minat khusus yang berbasis budaya, yang diharapkan dapat meningkatkan perkembangan perekonomian Kota tidore dengan tidak melepaskan arti kuluturalnya. (Amperwawan Marpaung)