Gua Jepang 13 ini terletak di Ngreco, Seloharjo, Pundong, Bantul, DIY. Koordinat UTM : 49 M  X : 0426136, Y : 9115305, Mdpl : 354.  Gua ini mempunyai ukuran Panjang  250 cm, Lebar 217 cm, Tinggi 160 cm, Tebal dinding 80 cm. Pintu mempunyai ukuran Lebar 91 cm dan Tinggi 161 cm. Lubang Pengintaian mempunyai ukuran Lebar 30 cm, Tebal 31 cm, Panjang 217 cm. Bangunan mempunyai denah empat persegi panjang, menghadap ke utara dengan satu lubang pengintaian ini kondisinya cukup baik. Pada sisi luar bangunan juga masih ditemukan adanya jalur penghubung dengan ukuran lebar ±100 cm dan memanjang seperti mengitari bukit tempat bangunan berada. Bangunan gua ini membujur arah utara-selatan, dengan pintu pada dinding sisi barat. Di samping adanya pintu juga dilengkapi dengan lubang ventilasi serta meja dinding, memanjang sepanjang dinding di bawah lubang pengintaian