Latar belakang sejarah Situs Makam Ratu Malang erat hubungannya dengan tokoh utama yang dimakamkan, yaitu Ratu Mas Malang dan Ki Panjang Mas. Ratu Mas Malang adalah anak Ki Wayah, seorang dalang wayang gedog. Ia menjadi salah seorang istri Amangkurat I yang karena sayangnya kemudian diangkat menjadi permaisuri dengan sebutan Ratu Wetan. Sebelum menjadi istri Amangkurat I, Ratu Mas Malang adalah istri Ki Panjang Mas, salah seorang dalang terkenal di Mataram. Oleh karena menolak menyerahkan istrinya maka Ki Panjang Mas kemudian dibunuh oleh prajurit Amangkurat I dan jasadnya dimakamkan di Gunung Kelir. Makam Ratu Malang dibangun selama kurang lebih 3 tahun, yaitu dari tahun 1665 sampai selasai pada tanggal 11 Juni 1668. Kompleks Situs Makam Ratu Malang ini dibangun dari balok-balok batu putih untuk dinding dan tembok serta batu andesit untuk nisan. Tempat tersebut diberi nama Antaka Pura oleh Amangkurat I yang berarti istana kematian atau istana tempat menguburkan jenazah. Komplek Makam Antaka Pura yang lebih dikenal dengan nama Makam Ratu Malang berada di atas bukit Gunung Kelir yang terletak di sebelah timur Desa Kedaton. Komplek makam ini termasuk dalam wilayah administratif Kecamatan Plered, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Komplek Makam Ratu Mas Malang terletak dipuncak sebuah bukit yaitu Gunung kelir dengan ketinggian 99 m dpl. Pada komplek makam ini terdapat 28 nisan, yang dikelompokan dalam 3 lokasi yaitu 19 nisan berada dihalaman depan, 1 nisan berada dihalaman belakang (nisan Dalang Panjang Mas) dan 8 nisan berada di halaman inti yang salah satunya merupakan nisan dari Ratu Mas Malang. Adapun jirat makam dibuat dari batu andesit dengan rincian sebuah berbentuk jajaran genjang dan 14 buah berbentuk kurung kurawal. Sedangkan, nisan yang berupa tumpukan batu putih tidak mempunyai jirat.
Pada sebelah timur laut makam terdapat sebuah bangunan yang dikenal dengan nama Sendang Moyo. Sendang ini merupakan kolam yang digunakan untuk menampung air hujan. Ukuran kolam adalah 3,5 m X 5 m. Kompleks sendang juga dikelilingi tembok setinggi 3 m dengen ketebalan tembok 210 cm. Ada lagi kolam berukuran 6 x 6 m berada di luar tembok keliling. Di makam ini juga terdapat temuan lepas yaitu sebuah balok batu andesit yang dikenal penduduk sebagai kotak wayang dari dalang Ki Panjang Mas.
Masyarakat sekitar masih mengkeramatkan makam tersebut, namun kondisi makam kini sudah rusak, yang terutama disebabkan oleh faktor alam. Banyaknya akar-akar tanaman keras yang merusak tembok makam. Juga tumbuhnya mikroorganisme seperti alga, moss dan lichen di tembok dan dinding telah memperparah kerusakan makam tersebut.
( Himawan Prasetyo, S.S. / Staf BPCB Yogyakarta )