Perkembangan sejarah Masjid Syuhada Tidak dapat dilepaskan dari sejarah perjuangaan pejuang Indonesia melawan tentara pendudukan Jepang. Peristiwa itu telah memakan korban 21 orang pejuang yang sekarang namanya diabadikan menjadi nama jalan di kawasan Kotabaru. Pembangunan masjid ini pada awalnya bertujuan sebagai monumen sejarah para syuhada yang gugur pada waktu itu. Namun seiring dengan kebutuhan akan tempat peribadatan, maka masjid ini digunakan sebagai tempat ibadah masyarakat muslim di Kotabaru.

Istilah syuhada sudah dikenal masyarakat, artinya orang-orang yang mati syahid atau gugur di jalan Allah. Nama lengkap masjid ini adalah Masjid Peringatan Syuhada. Mengingat terlampau panjang, maka seringkali disebut Masjid Syuhada saja. Pembangunan Masjid Syuhada dimulai dengan pembentukan panitia pada tanggal 14 Oktober 1949. Peletakan batu pertama dilakukan tanggal 23 September 1950 dan peresmian penggunaan dilakukan pada tanggal 20 September 1952. Jadi sejak peletakan batu pertama sampai peresmiannya, pembangunan masjid ini memakan waktu dua tahun. Tanggal 20 Sepetember 1952 dijadikan tanggal kelahiran (milad) Masjid Syuhada.

Tanah yang akan dibangun masjid merupakan pemberian dari Sultan Hamengku Buwono IX. Tanah ini terletak di sebelah timur Kali Code. Lokasi tanah ini berada diantara dua jembatan yaitu Jembatan Kridonggo ( kreteg Kewek) dan Jembatan Gondolayu.

Masjid Syuhada dirancang terdiri atas 3 lantai. Atap masjid sebagai puncak masjid terdapat kupel (mustoko) besar sebagai kubah masjid. Bagian tengah merupakan ruangan untuk shalat dan bagian bawah berupa ruangan yang digunakan sebagai kantor dan perpustakaan masjid.

( Himawan Prasetyo, S.S. / Staf BPCB Yogyakarta )