Kompleks Masjid Mataram Kotagede dibangun pada masa pemerintahan Sultan Agung sekitar tahun 1640-an. Masjid ini memiliki pintu masuk sebanyak empat buah. Tiga buah pintu di sisi timur dan sebuah pintu di sisi utara.
Di halaman masjid terdapat prasasti setinggi 3 meter, yang menerangkan bahwa Masjid Kotagede dibangun dua tahap. Pembangunan tahap pertama oleh Sultan Agung dan tahap kedua oleh Raja Kasunanan Surakarta yaitu Paku Buwana X.
Gaya arsitektur Masjid Mataram Kotagede menunjukkan ciri masjid Nusantara yaitu 1) atapnya berbentuk tumpang bersusun tiga; 2) memiliki serambi, dan 3) masih ada parit yang mengelilingi masjid pada ketiga sisinya. Dinding ruang utama disusun dari balok-balok batu putih tanpa spesi. Di dalam ruang utama masjid terdapat empat saka guru dari kayu jati utuh. Usuk dan reng disusun secara ngruji payung, karena tidak ada plafon yang berfungsi sebagai langit-langit.
Di dalam ruang utama ada ruang pengimaman/mihrab pada dinding sebelah barat, dan mimbar kayu berukir. Mimbar tersebut dihiasi ornamen berbentuk geometris, sulur-suluran, bahkan pada kaki mimbar ada ornamen berbentuk sepasang binatang yang distilir dengan sempurna sehingga bentuk aslinya tidak dapat dikenali lagi.
Di sebelah selatan masjid terdapat kompleks makam Hastana Kitha Ageng. Makam tersebut merupakan pemakaman kerajaan yang pertama kali dibangun oleh Dinasti Mataram Islam.
Kompleks Masjid Mataram Kotagede ditetapkan sebagai Cagar Budaya dengan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Republik Indonesia No. PM25/PW.007/MKP/2007 tanggal 26 Maret 2007. Letak masjid berada di Jalan Masjid Mataram, Sayangan, Jagalan, Kecamatan Banguntapan, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
