Gedung Markas Komando Resort Militer 072 Pamungkas didirikan sekitar tahun 1909 sebagai Kantor Asisten Residen Yogyakarta. Berdirinya gedung ini diprakarsai oleh Residen Pieter Hugo van Andel. Pada zaman pendudukan Jepang, gedung ini berfungsi sebagai tempat tinggal Sumobuco atau Kepala Urusan Umum. Setelah Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia, tepatnya pada tanggal 11 Januari 1946 bangunan ini digunakan sebagai tempat tinggal Wakil Presiden I Mohammad Hatta.
Pada saat Belanda kembali menduduki kota Yogyakarta tanggal 19 Desember 1948, gedung ini dipakai untuk kepentingan Belanda yang baru. Pada tahun 1952-1967 bangunan ini digunakan sebagai tempat tinggal Walikota Yogyakarta, dan pada tahun 1969 untuk kantor Walikota. Selanjutnya sekitar tahun 1970 gedung ini digunakan untuk Kantor Komando Wilayah Pertahanan II, dan kemudian berubah fungsi menjadi Markas Komando Resort Militer 072 Pamungkas, Kodam Diponegara sampai sekarang.
