Pada awalnya bangunan BNI 46 merupakan kantor Nederlandsch-Indische Levensverzekeringen en Lijfrente Maatschappij (NILLMIJ). Nillmij adalah perusahaan asuransi jiwa yang didirikan pada 31 Desember 1859. Pendirinya adalah C.F.W. Wiggers van Kerchem, seorang financier pertama di Hindia Belanda. Van Kerchem juga kelak menjadi Presiden Direktur De Javasche Bank periode 1863-1868. Gedung tersebut merupakan hasil rancangan Ir. Frans Johan Laurens Ghijsels, seorang arsitek Belanda kelahiran Tulungagung. Gedung ini mulai dibangun pada tahun 1921 dan selesai pada tahun 1922 (Handinoto, 2012: 64-65).
Gedung kantor Nillmij Yogyakarta tersebut dirancang dengan langgam Art Deco. Gaya khas arsitektur ini memiliki konstruksi pilar-pilar tinggi. Ciri-ciri bangunan Eropa juga tampak pada bangunan ini dengan adanya pintu dan jendela yang lebar dan tinggi. Dinding dihiasi dengan roster yang berfungsi sebagai sirkulasi udara dan pencahayaan sekaligus sebagai ragam hias yang dapat mempercantik tampilan arsitektural. Bangunan ini menjadi salah satu penanda (landmark) kawasan, karena letaknya di sisi barat daya simpul jalan utama di sumbu filosofis Kota Yogyakarta.
Megahnya arsitektur gedung ini tidak terlepas dari kiprah Nillmij di Hindia Belanda. Nillmij merupakan satu-satunya perusahaan asuransi jiwa di Hindia Belanda, sehingga mampu memonopoli industri asuransi. Van Kerchem mampu meyakinkan Pemerintah Hindia Belanda untuk menjadikan Nillmij sebagai alternatif lain bagi para pegawai pemerintahan dan militer untuk menabung di sana, di samping sistem pensiun yang berlaku. Selain berfungsi sebagai Nillmij, bangunan digunakan untuk kantor Nederlandsch Handel Maatschappij (NHM), Escompto Maatschappij, dan kantor makelar Buyn & Co.
Pada masa Jepang menduduki Yogyakarta, gedung ini diambilalih oleh Tentara Dai Nippon untuk digunakan sebagai kantor radio Jepang dengan nama Hoso Kyoku. Setelah Jepang dikalahkan oleh Sekutu, gedung ini dimanfaatkan sebagai studio siaran radio Mataramsche Vereeniging Voor Radio Omroep (MAVRO). MAVRO merupakan perintis Radio Republik Indonesia (RRI) Nusantara II Yogyakarta. Setelah RRI lahir pada 11 September 1945, gedung Nillmij digunakan juga oleh RRI untuk melakukan siaran. Selama masa perjuangan mempertahankan kemerdekaan pasca proklamasi, RRI memegang peranan penting. RRI Yogyakarta juga dinamakan radio perjuangan karena gencar melakukan siaran untuk menggelorakan semangat dalam melawan Sekutu, baik di Magelang, Ambarawa, dan Semarang.
Serangan udara yang dilakukan oleh RAF (Royal Air Force) Inggris pada 25 dan 27 November 1945 di Kota Yogyakarta sebenarnya untuk ”membungkam siaran” yang dilakukan oleh Bung Tarjo di Hoso Kyoku (sekarang gedung BNI 46). Namun, serangan tersebut salah sasaran dan mengenai gedung Balai Mataram (Societeit Vereeniging) yang ada di sebelah utaranya.
Bangunan ini telah ditetapkan sebagai cagar budaya melalui SK Menteri PM.07/PW.007/MKP/2010. Gedung BNI 1946 berada di Jalan Ahmad Dahlan No. 1 Yogyakarta.