Makam Giriloyo didirikan tahun 1628-1829. Rencananya makam ini akan digunakan untuk makam Sultan Agung beserta keluarganya. Akan tetapi rencana tersebut dibatalkan karena bukit Giriloyo terlalu sempit dan juga karena Pangeran Juminah (paman Sultan Agung) telah dimakamkan terlebih dahulu di tempat tersebut. Oleh karena itu, Sultan Agung kemudian mencari alternatif tempat lain di Gunung Merak yang terletak di sebelah selatan Makam Giriloyo.
Makam Giriloyo terdapat di atas perbukitan Giriloyo. Makam ini terdiri atas empat bagian yaitu makam di sayap kiri (barat), makam di sayap kanan (timur), makam di luar pagar keliling, dan masjid. Untuk menuju makam sayap kiri (barat) harus melewati 25 anak tangga.
Makam ini merupakan yang paling tinggi di antara makam-makam lainnya. Tokoh yang dimakamkan di sayap kanan (timur) antara lain: Kiai Ageng Giring, Kiai Ageng Sentong, dan Sultan Cirebon V. Tokoh yang dimakamkan di sayap kiri (barat) antara lain: Kanjeng Ratu Pembayun (istri Amangkurat), makam Kanjeng Ratu Mas Hadi (ibu Sultan Agung), dan Kanjeng Panembahan Juminah (paman Sultan Agung).
Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011. Kompleks Makam Giriloyo terletak di Cengkehan, Wukirsari, Imogiri, Bantul.