Bangunan SMP BOPKRI 2 Wates, berada di jalan Bayangkara No. 2 Wates. Pada tahun 1921 berdirilah HJS (Hollandsche-Javaansche school met den Bijbel). Hollandsche-Javaansche school met den Bijbel di Wates berkembang menjadi sekolah milik Yayasan BOPKRI. Pada tahun 1958 bangunan ini pernah digunakan sebagai kantor kepala sekolah. Bangunan berbentuk persegi menghadap ke arah barat laut, lay out bagian dalam dibuat lenggang, tetapi untuk saat ini dibuat sekat-sekat karena kebutuhan ruang.
Pada bagian belakang bangunan ada doorlop yang kondisinya sudah dipotong. Doorlop tersebut menghubungkan bagian dapur yang saat ini bangunannya sudah tidak ada lagi. Lantai bangunan menggunakan tegel kunci abu–abu ukuran 20 x 20 cm. Pintu dan jendela terbuat dari kayu jati, ada dua model pintu yaitu papan kayu pada bagian bawah sedangkan bagian atasnya berbentuk krepyak, satu lagi berbentuk bagian bawah papan dan bagian atas ram kaca. Sedangkan bentuk jendela bagian dalam modelnya ram kayu dengan kaca dan bagian luar berbentuk krepyak.
Pada tahun 2017 SMP BOPKRI 2 Wates – Kulon Progo merupakan salah satu dari sepuluh bangunan dan struktur cagar budaya yang mendapat penghargaan Kompensasi Pelindungan Cagar Budaya 2017 dari Balai Pelestarian Cagar Budaya Daerah Istimewa Yogyakarta. Penghargaan tersebut diberikan kepada bangunan dan struktur Cagar Budaya yang pemilik/ pengelolanya memiliki komitmen yang tinggi terhadap pelestarian Cagar Budaya. (Tim Penilai Cagar Budaya BPCB DIY).
