Bangunan SMP BOPKRI I pada mulanya merupakan HCS (Hollandsche Chineesche School), yang didirikan tahun 1917 di kampung Gemblakan. Di Yogyakarta, sekolah HCS pertama kali didirikan pemerintah Belanda tahun 1912 di kampung Gondekan.
Pada perkembangan selanjutnya di masa Hindia Belanda terdapat empat buah sekolah HCS. Sekolah tersebut meliputi HCS Gubernemen di Gondekan, HCS Zending Protestan di kampung Gemblakan, HCS Zending Nasional (HCS Mayor Yap Hong Sing) (berdiri didirikan tahun 1921), dan HCS Katolik (berdiri tahun 1934).
Orang-orang Tionghoa lebih tertarik bersekolah di HCS karena menggunakan bahasa Belanda sebagai bahasa pengantarnya, dengan harapan setelah lulus akan mudah mendapat pekerjaan. Persyaratan masuk HCS bisa dikatakan mudah yaitu usia maksimum tujuh tahun dan penguasaan Bahasa Belanda yang tidak terlalu ketat.
Pada saat kedatangan Jepang, semua sekolah ditutup termasuk sekolah Cina. Namun sekolah Tionghoa kembali dibuka pada 7 September 1942. Tahun 1942 – 1946, jumlah sekolah Tionghoa di Yogyakarta berjumlah enam buah, yaitu di Poncowinatan, Dagen, Gemblakan, Ketandan, Wates dan Wonosari. HCS di Gemblakan dikenal dengan nama “sekolah nomor 3” (ti san siauw).
Pada tahun 1946, HCS di Gemblakan ini ditempati oleh sekolah setingkat SMA yang didirikan oleh Yayasan BOPKRI (Badan Oesaha Pendidikan Kristen Indonesia). Pada tahun 1949, bangunan tersebut beralihfungsi menjadi Gedung SMP BOPKRI. Akhirnya tahun 1952 gedung tersebut menjadi SMP BOPKRI I Yogyakarta sampai sekarang.
Bangunan SMP BOPKRI I ini menunjukkan ciri khas model arsitektur Indis, yaitu perpaduan antara arsitektur lokal Jawa dengan arsitektur gaya Belanda. Gaya arsitektur Jawa dapat dilihat dari bentuk limasan dan penggunaan unsur kayu. Sedangkan model arsitektur gaya Belanda ditunjukkan dengan penggunaan material batu bata berspesi dan lantai tegel.
Model arsitektur Indis yang mudah dikenali adalah penggunaan pintu dan jendela dalam jumlah yang banyak dan berukuran besar, dengan model kupu tarung (berdaun dua) dan model krepyak. Jendela dan pintu yang berukuran besar membuat pencahayaan alami dan pergantian udara di dalam ruangan menjadi sangat baik.
Nilai penting arkeologis dari bangunan ini tidak dapat dilepaskan dari sejarah perkembangan Kawasan Danurejan serta Lempuyangan. Pada tahun 1899 pembangunan jalur jalan sudah mencapai daerah Lempuyangan.
Bangunan SMP BOPKRI I telah ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor PM. 25/PW.007/MKP/2007.
