Balai Pelestarian Cagar Budaya Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (BPCB DIY) merupakan unit pelaksana teknis (UPT) Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi di bidang pelestarian cagar budaya yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Kebudayaan. Pada mulanya BPCB DIY merupakan salah satu kantor cabang Direktorat Sejarah dan Purbakala untuk wilayah Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta.

     Dinas Purbakala dan Peninggalan Nasional sejak tahun 1953 dipimpin R. Soekmono kemudian berganti nama menjadi Lembaga Purbakala dan Peninggalan Nasional (LPPN). Pada tahun 1975, terjadi perubahan struktur dan organisasi di tubuh LPPN. LPPN dibagi menjadi 2 unit, yakni kegiatan yang bersifat teknis administrasi operasional berada di bawah Direktorat Sejarah dan Purbakala (DSP) dan kegiatan yang bersifat penelitian di bawah Pusat Penelitian Purbakala dan Peninggalan Nasional (P4N). BPCB DIY atau yang dahulu bernama Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala (SPSP) merupakan salah satu dari empat staf teknis DSP di daerah yang merupakan Kantor cabang I Prambanan untuk wilayah Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta.

     Berdirinya Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala (SPSP) ini berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0020/O/78 tanggal 23 Juni 1978. Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala (SPSP) ini bertanggung jawab langsung kepada Direktorat Jenderal Kebudayaan yang mempunyai tugas dan wewenang melaksanakan Pemeliharaan, Perlindungan, Pemugaran, Pendokumentasian, Bimbingan dan Penyuluhan terhadap peninggalan – peninggalan sejarah dan purbakala beserta situs – situsnya.

     SPSP DIY sebagai UPT Direktorat Jenderal Kebudayaan resmi berdiri tahun 1980 dengan menempati gedung baru di Bogem, Kalasan, Sleman, Yogyakarta yang diresmikan oleh Direktur Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Prof. Dr. Haryati Soebadio pada tanggal 4 Desember 1979.

     Pada tahun 2004 terjadi perubahan nama dari Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala (SPSP DIY) menjadi  Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala Yogyakarta (BP3 Yogyakarta). Perubahan ini ditetapkan melalui Surat Keputusan Kepala Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata No. Kep – 06/BP-BUDPAR /2002 tanggal 21 Agustus 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala.

     Organisasi BP3 DIY menjadi UPT Teknis Deputi Bidang Sejarah dan Purbakala Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata berdasarkan hal-hal berikut ini.

1. SK Presiden RI No.29 tahun 2003, tanggal 26 Mei 2003 tentang Perubahan atas Keputusan Menteri No. 101 tahun 2001. SK ini menguraikan tentang kedudukan, tugas, fungsi, kewenangan, susunan organisasi dan tata kerja menteri negara sebagaimana telah diubah dengan Keputusan Presiden No. 2 tahun 2002.
2. SK Kepala Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata Nomor KEP – 06/BP BUDPAR/2002 tanggal 21 Agustus 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja BP3.
3. Instruksi Menteri Kebudayaan dan Pariwisata No.IM-1/OT.001/MKP/03, tanggal 3 Juni 2003 tentang Pelaksanaan Tugas dan Fungsi Pejabat dan karyawan di Lingkungan Eks Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata termasuk Unit Pelaksana Teknis Kebudayaan dan Pariwisata.

     Pada tahun 2012, Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala (BP3) menjadi Balai Pelestarian Cagar Budaya (BPCB). Perubahan ini juga diikuti dengan adanya perubahan kedudukan, tugas dan fungsi. Berdasarkan Permendikbud Nomor 30 Tahun 2015 tentang Tata Kerja Balai Pelestarian Cagar Budaya menjelaskan bahwa BPCB adalah unit pelaksana Teknis Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan di bidang pelestarian Cagar Budaya yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kebudayaan. BPCB bertugas melaksanakan pelindungan, pengembangan, dan pemanfaatan cagar budaya dan yang diduga cagar budaya di wilayah kerjanya.

     Pimpinan Balai Pelestarian Cagar Budaya Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dari Masa ke Masa 

1. Aq. Soenarto ( 1980-1994).
2. Romli ( 1994-1998).
3. Wahyu Indrasana (1998-2001).
4. Tri Hatmadji (2001-2004).
5. Budhiharja (2004-2005).
6. Agus Waluya (2005-2007).
7. Herni Pramastuti ( 2008-2011).
8. Tri Hartono, M. Hum (2012 – 2016).
9. Winston Sam Dauglas Mambo (2016 – 2017).
10. Ari Setyastuti, M.Si. (2017 – 2019).
11. Zaimul Azzah, M.Hum.(2019 – sekarang)

Sumber:

Hadiyanta, Ign. Eka. dan Widyandari Budi Rahayu.

2013. “Balai Pelestarian Cagar Budaya (Organisasi, Tusi, dan SDM)” dalam 100 Tahun Purbakala: Menapak Jejak Peradaban Bangsa. Yogyakarta: Balai Pelestarian Cagar Budaya Yogyakarta.