Song Sonoyo terletak di Dusun Wuru, Desa Bohol, Kecamatan Rongkop, Kabupaten Gunung Kidul, Daerah Istimewa Yogyakarta pada titik koordinat 49L X: 0472762 dan Y: 9102321 dan ketinggian 302 mdpl. Gua ini terletak pada lereng bukit karst yang letaknya sekitar 200 meter dari arah barat jalan aspal di Desa Bohol. Kemiringan lereng di bawah 45 derajat. Vegetasi untuk menuju ke mulut gua cukup tebal, terdiri dari pohon jati, pohon bambu dan semak belukar. Namun terdapat jalan setapak menuju ke mulut gua dari jalan raya beraspal. Menurut informasi dari perangkat Desa Bohol, song ini dinamakan Sonoyo karena masyarakat sekitar percaya bahwa di dalam gua terdapat makam seseorang yang dikenal dengan nama Mbah Sonoyo. Menurut informan tersebut, beberapa masyarakat pernah melihat makam tersebut. Namun karena terjadi longsor, makam tersebut sekarang ini tertimbun oleh lantai tanah akibat longsor tersebut. Kedudukan lantai pada mulut gua memang lebih tinggi dibandingkan dengan lantai di dalam gua.
Aspek morfologi. Song Sonoyo menghadap ke arah utara. Lebar mulut gua adalah 9,72 meter. Tinggi mulut gua adalah 1,6 meter. Kedalaman atau jarak dari mulut gua ke dinding terdalam adalah 4,16 meter. Lantai gua relatif datar, namun bagian timur sedikit lebih tinggi. Stalagtit dan stalagmit gua sudah mati. Pencahayaan gua lumayan baik. Pada salah satu sisi dinding bagian dalam, terdapat indikasi adanya sebuah lubang kecil yang sebagian besar telah tertutup oleh longsoran tanah yang kemudian menjadi lantai gua sekarang. Pada lantai ditemukan satu fosil gastropoda yang masih menempel pada sebuah batu. Selain itu, cangkang kerang darat cukup banyak tersebar di lantai gua.
