Latar belakang sejarah keberadaan Situs Makam Ratu Malang berkaitan erat dengan tokoh utama yang dimakamkan di situs tersebut, yaitu Ratu Malang dan Ki Panjang Mas. Ratu Mas Malang adalah anak Ki Wayah, seorang dalang wayang gedog. Ratu Malang merupakan salah satu istri Amangkurat I. Oleh karena begitu besarnya cinta Amangkurat I kepadanya, kemudian ia diangkat menjadi permaisuri dengan sebutan Ratu Wetan.
Sebelum menjadi istri Amangkurat I, Ratu Malang adalah istri Ki Panjang Mas, salah seorang dalang terkenal di Mataram. Ki Panjang Mas menolak untuk menyerahkan istrinya kepada Amangkurat I. Penolakan itulah yang menyebabkan Ki Panjang Mas kemudian dibunuh oleh prajurit Amangkurat I dan jasadnya dimakamkan di Gunung Kelir.
Makam Ratu Malang dibangun selama kurang lebih tiga tahun, yaitu dari tahun 1665 sampai selesai pada tanggal 11 Juni 1668. Kompleks makam ini dibangun dari balok-balok batu putih untuk dindingnya dan tembok batu andesit untuk nisannya. Amangkurat I menamai tempat tersebut “Antaka Pura” yang berarti istana kematian atau istana tempat menguburkan jenazah.
Kompleks Makam Antaka Pura atau yang lebih dikenal dengan nama Makam Ratu Malang ini terletak di sebelah timur Desa Kedaton, Kecamatan Plered, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Komplek makam berada di puncak sebuah bukit bernama Gunung Kelir dengan ketinggian 99 meter di atas permukaan laut.
Pada komplek makam ini terdapat dua puluh delapan (28) nisan, yang dikelompokan dalam tiga (3) lokasi yaitu sembilan belas (19) nisan berada di halaman depan, satu (1) nisan berada di halaman belakang (nisan Dalang Panjang Mas) dan delapan (8) nisan berada di halaman inti yang salah satunya merupakan nisan dari Ratu Mas Malang. Adapun jirat makam dibuat dari batu andesit dengan rincian sebuah berbentuk jajaran genjang dan empat belas (14) buah berbentuk kurung kurawal. Nisan yang berupa tumpukan batu putih tidak mempunyai jirat.
Di sebelah timur laut makam terdapat sebuah bangunan yang dikenal dengan nama Sendang Moyo. Sendang ini merupakan kolam yang digunakan untuk menampung air hujan. Ukuran kolam adalah 3,5 x 5 meter. Kompleks sendang juga dikelilingi tembok setinggi 3 meter dengan ketebalan tembok 2,1 meter. Ada lagi kolam berukuran 6 x 6 meter berada di luar tembok keliling. Di makam ini juga terdapat temuan lepas yaitu sebuah balok batu andesit yang dikenal penduduk sebagai kotak wayang dari dalang Ki Panjang Mas. Masyarakat sekitar masih mengeramatkan makam tersebut.
Kondisi makam kini sudah rusak, terutama disebabkan oleh faktor alam. Banyak akar-akar tanaman keras yang merusak tembok makam. Juga tumbuhnya mikroorganisme seperti alga, moss dan lichen di tembok dan dinding telah memperparah kerusakan makam tersebut.
