Pendirian Rumah Sakit Mata “Dr. Yap” tidak terlepas dari prakarsa dan usaha Dr. Yap Hong Tjoen, seorang keturunan Tionghoa. Dokter yang lahir pada 30 Maret 1885 ini tidak sekadar berjasa di bidang medis, namun juga di bidang pendidikan, sosial, dan budaya. Puncak keberhasilan pendidikan Dr. Yap Hong Tjoen adalah saat memperoleh gelar dokter ilmu penyakit mata pada 24 Januari 1919 melalui disertasi tentang penyakit glaukoma. Dr. Yap Hong Tjoen kemudian kembali ke tanah air untuk membangun klinik di Bandung dan juga mendirikan sebuah klinik mata di Yogyakarta.
Pada 20 Juni 1921, Dr. Yap memulai aktivitasnya sebagai dokter dengan membuka balai pengobatan mata yang diberi nama Centrale Vereniging tot Bevordering der Oogheelkunde in Nederlandsch (CVO) bertempat di Jalan Gondolayu, Yogyakarta. Satu tahun kemudian poliklinik tersebut berpindah ke arah timur, menempati daerah Terban karena balai pengobatan mata sudah tidak memadai.
Pada 1922 berdirilah Rumah Sakit Mata sebagai kelanjutan dari Poliklinik Mata di Gondolayu. Peletakan batu pertama Rumah Sakit Mata dilakukan oleh Sultan Hamengku Buwana VIII pada 21 November 1922. Hal ini berdasarkan prasasti yang berada pada dinding teras bawah sisi barat berbentuk persegi bertuliskan DE EERSTE STEEN GELEDG DOOR Z.H HAMENGKOE BOEWONO VIII OP DEN 21 STEN NOV 1922.
Pembukaan rumah sakit mata ini dilakukan oleh Jenderal Mr. D. Fock pada 29 Mei 1923, setelah mendapat kuasa dari Ratu Belanda. Rumah sakit ini dinamai Prinses Juliana Gasthuis voor Ooglijders yang artinya Rumah Sakit Puteri Juliana untuk Penderita Penyakit Mata. Dalam laporan tahun 1923 disebutkan bahwa jumlah pasien di Rumah Sakit ini sebanyak 3.823 orang, sedangkan tempat tidur untuk pasien (zaal) yang tersedia ada 102 buah.
Jiwa humanis Dr. Yap Hong Tjoen membuat pelayanannya kepada para pasien menjadi adil. Dokter Yap tidak membeda-bedakan kaum miskin ataupun kaya. Dengan peralatan medis yang canggih pada zamannya, Rumah Sakit Mata ini ramai dikunjungi para tunanetra.
Pada 12 Sepetember 1926 Dr. Yap Hong Tjoen mendirikan sebuah yayasan (stichting) bernama Vorstenlandsch Blinden Instituut yang bertujuan mengajarkan keterampilan bagi tunanetra. Keterampilan tersebut misalnya membuat keset dari sabut kelapa, karpet dan kerajinan tangan lainnya. Yayasan ini kemudian berganti nama menjadi Yayasan Mardi Wuto. Yayasan ini menjadi wadah untuk kemajuan para penyandang tunanetra, khususnya di wilayah Yogyakarta.
Ketika Jepang menduduki Yogyakarta pada 1942, Rumah Sakit Prinses Juliana Gasthuis voor Ooglijders berganti nama menjadi Rumah Sakit Dr. Yap. Penamaan tersebut diambil dari nama Dr. Yap Hong Tjoen dan untuk menghilangkan hal yang berhubungan dengan pemerintah Belanda. Sejak saat itu hingga sekarang nama Rumah Sakit Dr. Yap tidak pernah mengalami perubahan. Namun, RS Dr. Yap tetap diusik oleh tentara Jepang yang kemudian mengobrak-abrik rumah sakit, bahkan Dr. Yap Hong Tjoen ditangkap dan ditawan.
Pada tahun 1948, Dr. Yap Kie Tiong putera dari Dr. Yap Hong Tjoen kembali ke Indonesia setelah menyelesaikan pendidikannya di Belanda. Melalui Akte Notaris No. 53 tanggal 17 Juni 1949 di hadapan Notaris J. Hofstade di Semarang, Dr. Yap Hong Tjoen menyerahkan kuasa penuh kepada Dr. Yap Kie Tiong mengenai segala sesuatunya yang berkaitan dengan Centrale Vereeniging tot bevordering der Oogheelkunde in Nederlandsch-Indie (CVO), Vorstenlandsch Blinden Instituut, dan Rumah Sakit Mata Dr. Yap. Setelah menyerahkan kuasa penuh kepada puteranya, Dr. Yap Hong Tjoen meninggalkan Indonesia pada Juni 1949 dan wafat di Den Haag pada 28 November 1952.
Dr. Yap Kie Tiong mengemban kuasa penuh dari ayahnya, hingga wafatnya tanggal 9 Januari 1969. Sebelum meninggal dunia, Dr. Yap Kie Tiong memberikan wasiat kepada Kanjeng Gusti Paku Alam VIII, Bapak Soemitro Kolopaking, Mr. Soemarman, dan dua anggota lain yang tidak disebutkan namanya untuk mengambil alih Rumah Sakit Mata Dr. YAP guna kepentingan masyarakat. Untuk menghargai jasa Dr. Yap Hong Tjoen dalam perannya mengembangkan ilmu kedokteran mata dan sedikit mengenal kisah hidupnya, maka didirikan Museum Rumah Sakit Mata Dr. Yap. Museum diresmikan oleh Sri Sultan Hamengku Buwana X pada saat peringatan hari ulang tahun Rumah Sakit Mata Dr. Yap yang ke-75 tahun 1997.
Pada 9 September 1999 ditetapkan susunan kepengurusan Yayasan Rumah Sakit Dr. YAP Prawirohusodo yang terdiri dari pelindung yaitu Sri Sultan Hamengkubuwono X dan ketua yayasan Budi Darmito. Sejak tahun 2002 kepengurusan yayasan dipegang oleh GBPH. Prabukusumo.
Bangunan induk Rumah Sakit Mata Dr. Yap menghadap ke timur dengan kanopi sebagai pintu gerbangnya. Bangunan ini mempunyai “dua sayap”, yaitu sayap utara, dan selatan. Bentuk atapnya tinggi dengan kemiringan tajam dan dihiasi menara kecil yang berfungsi sebagai ventilasi. Kanopi ditopang dengan pilar-pilar yang berdiri di atas tembok setinggi 90 cm yang bagian luarnya diberi tatanan batu andesit. Bagian atas kanopi berbentuk lancip dan pada bagian depan terdapat tulisan Rumah Sakit Mata Dr. Yap.
Jendela pada bangunan induk menggunakan model kupu tarung dengan panil kayu krepyak. Pintu model kupu tarung terdiri atas dua lapis yaitu pintu panil kaca di bagian dalam dan pintu panil kayu krepyak di sisi luar. Pada dinding bawah teras sisi barat terdapat marmer berbentuk persegi dan terdapat tulisan DE EERSTE STEEN GELEDG DOOR Z.H. HAMENGKOE BOEWONO VIII OP DEN 21 STEN NOV: 1922 (Peletakan batu pertama oleh Sultan Hamengku Buwono VIII pada tanggal 21 November 1922). Bangunan Rumah Sakit Dr. Yap telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya dengan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: PM.25/PW.007/MKP/2007. Bangunan tersebut terletak di Jalan Teuku Cik Di Tiro No. 5, Terban, Gondokusuman, Yogyakarta.
