Menurut bentuknya, Gua Jepang Pundong dapat diklasifikasikan menjadi lima kelompok yaitu:
- Bangunan dengan empat lubang pengintaian.
Bangunan Gua Jepang yang dilengkapi dengan empat lubang pengintaian ada tiga buah, yaitu Gua Jepang nomor 2, 7, 11, 19 (KR).
2. Bangunan dengan satu lubang pengintaian.
Bangunan Gua Jepang yang mempunyai satu lubang pengintaian ada enam buah, yaitu Gua Jepang nomor 1, 5, 10, 4, 13, 18. Bentuk bangunannya empat persegi dan sisi-sisinya mempunyai ukuran yang hampir sama.
3. Bangunan dengan dua pintu.
Bangunan Gua Jepang dengan dua pintu ada tiga buah, yaitu Gua Jepang nomor 8, 15, dan 16.
4. Bangunan dengan satu pintu.
Bangunan Gua Jepang dengan satu pintu ada enam buah, yaitu Gua Jepang nomor 3, 6, 9, 12, 14, 17. Bangunan ini terletak di lereng-lereng bukit dan dilengkapi dengan satu sampai dua lubang ventilasi dengan tanpa adanya lubang pengintaian.
5. Bangunan dengan satu lubang penembakan.
Bangunan Gua Jepang yang mempunyai satu lubang penembakan ada satu buah, yaitu Gua Jepang 20
