Museum Biologi terletak di Jalan Sultan Agung No. 22 Yogyakarta. Bangunan ini berdiri tahun 1890, dahulu merupakan perumahan opsir-opsir Belanda yang dipakai untuk mengawasi aktivitas Keraton Pakualaman. Bangunan ini kemudian berfungsi sebagai museum pada 20 september 1969.
Museum ini terdiri atas bangunan induk yang difungsikan sebagai museum, bangunan sayap dan bangunan belakang yang difungsikan sebagai rumah tinggal. Bangunan menghadap ke utara, dibangun dengan bahan dasar batu, kayu, pasangan bata, dan besi.
Bangunan ini bergaya indis, terlihat dari arsitektur pintu dan jendela yang berukuran besar dan tinggi, beranda dengan balustrade dari teralis besi, struktur pilar pada dinding serta konsol dari besi plat yang berbentuk curva. Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011.
