Masjid Pathok Negara merupakan masjid milik Kasultanan Yogyakarta yang dibangun di wilayah nagaragung. Selain memiliki fungsi religius sebagai tempat ibadah, Masjid Pathok Negara juga berfungsi sebagai tempat pertahanan rakyat. Masjid Pathok Negara menjadi tempat syiar agama Islam yang bertujuan untuk membentengi rakyat secara rohani agar berkepribadian kuat, sehingga tidak mudah terpengaruh oleh penjajahan Belanda.
Masjid Pathok Negara didirikan di daerah bersifat perdikan, yaitu bebas pajak, namun diwajibkan melakukan pekerjaan tertentu. Nama Pathok Negara berasal dari abdi dalem Kawedan Pangulon Kasultanan Yogyakarta yang ditempatkan di Mlangi (barat), Plosokuning (utara), Dongkelan (selatan), dan Babadan (timur). Tugasnya membantu penghulu hakim sebagai ketua Pengadilan Surambi dan bertanggung jawab terhadap masjid milik raja yang berada di daerah tempatnya bertugas. Masjid Pathok Negara antara lain sebagai berikut.
- Masjid Mlangi
Masjid Mlangi dibangun sebelum Kasultanan Yogyakarta berdiri, yaitu pada tahun 1723. Pada masa itu daerah Mlangi sudah menjadi permukiman penduduk. Keberadaan Desa Mlangi berkaitan erat dengan Raden Sandiyo (kakak Sultan Hamengku Buwana I).
Penetapan Masjid Mlangi sebagai masjid Pathok Negara dan Desa Mlangi sebagai desa perdikan merupakan penghargaan Sultan Hamengku Buwana I terhadap Raden Sandiyo atau Kiai Nur Iman sebagai kakaknya.
Di kompleks Masjid Mlangi terdapat makam patih pertama Kasultanan Yogyakarta, yiatu Patih Danureja I yang meninggal tahun 1799. Masjid Mlangi sekarang terletak di Dusun Mlangi, Desa Nogotirto, Gamping, Sleman. Masjid ini dikenal dengan sebutan Masjid Jami’ Mlangi.
- Masjid Ploso Kuning
Masjid Ploso Kuning diperkirakan didirikan setelah tahun 1724. Sejarah pendiriannya berkaitan erat dengan Kiai Mursodo (putra Kiai Nur Iman). Masjid Ploso Kuning terletak di Dusun Ploso Kuning, Desa Minomartani, Kecamatan Ngaglik, Sleman.
- Masjid Dongkelan
Sejarah berdirinya Masjid Dongkelan bermula dari peranan Kiai Syihabudin I yang berhasil mengusir pemberontakan Raden Mas Said dari wilayah Kasultanan Yogyakarta setelah Perjanjian Giyanti. Atas jasanya tersebut, Sultan Hamengku Buwono I menganugerahi Kiai Syihabudin I tanah perdikan di Dongkelan dan memerintahkannya untuk mendirikan masjid. Setelah itu ia diangkat menjadi Abdi Dalem Pathok Negara. Masjid Dongkelan diperkirakan didirikan setelah Perjanjian Salatiga tahun 1757. Masjid Dongkelan terletak di Kauman, Desa Tirtonirmolo, Kecamatan Kasihan, Bantul.
- Masjid Babadan
Masjid Babadan didirikan pada tahun 1774, masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwana I. Pada masa penjajahan Jepang (1942-1945), Babadan pernah direncanakan menjadi tempat gudang senjata untuk keperluan perang. Oleh karena itu, masyarakat Babadan banyak yang pindah ke arah utara menuju Kentungan, termasuk memindahkan masjid Babadan. Rencana Jepang untuk menjadikan Babadan sebagai pusat penyimpanan amunisi tidak jadi, sehingga masyarakat kembali ke Babadan dan membangun masjidnya lagi. Masjid Babadan terletak di Kampung Kauman Babadan, Desa Banguntapan, Kecamatan Banguntapan, Bantul.
- Masjid Wonokromo
Pada mulanya Masjid Wonokromo tidak berstatus Masjid Pathok Negara. Masjid ini merupakan perluasan dari Masjid Babadan yang dimaksudkan untuk menambah jumlah Masjid Pathok Negara. Masjid Wonokromo didirikan di Desa Wonokromo, sebuah desa perdikan yang diberikan Sultan Hamengku Buwana I kepada Kiai Haji Muhammad Fakih atau Kiai Welit. Kiai Haji Muhammad Fakih adalah guru sekaligus kakak ipar Sultan Hamengku Buwana I.
Masjid Wonokromo tidak didirikan pada masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwono I. Pembangunannya berlangsung pada masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwono IV. Masjid Wonokromo terletak di Desa Wonokromo, Kecamatan Plered, Bantul.
