Masjid Margoyuwono diresmikan pada 29 Agustus 1943. Pada saat Yogyakarta menjadi ibu kota Republik Indonesia, Masjid Margoyuwono sering digunakan sebagai tempat ibadah para menteri dan para pembesar yang ada di Yogyakarta. Renovasi bangunan masjid dilakukan pada tahun 1986. Pekerjaan yang dilakukan salah satunya yaitu perbaikan tempat wudu. Saat ini selain digunakan sebagi tempat ibadah, masjid ini juga digunakan untuk kegiatan keagamaan lainnya.
Masjid Margoyuwono berdenah bujur sangkar. Memiliki serambi terbuka yang dilengkapi dengan lengkung-lengkung atap bangunan yang berupa atap tumpang, yang terdiri atas rangka kayu jati. Lantainya dari tegel bermotif kembang.
Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011. Masjid Margoyuwono terletak di Jalan Langenastran Lor No. 9 Yogyakarta
