Masjid Margayuwana merupakan salah satu masjid kuno yang terdapat di Jalan Langenastran Lor No. 9 Yogyakarta. Masjid ini mulai dibangun pada 28 Maulud 1874 AJ oleh Pawiro Yuwono, seorang pedagang batik yang sukses. Masjid ini diresmikan pada tanggal 29 Agustus 1943. Pada masa kemerdekaan, tepatnya pada saat Yogyakarta sebagai ibu kota Republik Indonesia, Masjid Margayuwana sering digunakan sebagai tempat ibadah para menteri dan para pembesar yang ada di Yogyakarta. Renovasi bangunan masjid ini pernah dilakukan pada 1986 dengan perbaikan tempat wudu.
Saat ini selain digunakan sebagi tempat ibadah, masjid ini juga digunakan untuk kegiatan keagamaan lainnya. Masjid Margoyuwono berdenah bujur sangkar pada ruang utama dan ditambah dengan serambi terbuka yang dilengkapi dengan lengkung-lengkung atap bangunan yang berupa atap tumpang, yang terdiri atas rangka kayu jati dan lantainya dari tegel kembang.
