Gereja yang didirikan pada 1934 ini adalah hasil karya arsitek J.H. Van Oyen, merupakan gereja pertama yang diperuntukkan bagi orang-orang pribumi di wilayah Bintaran dan bagian tenggara Kota Yogyakarta. Mgr. Soegiyapranoto pernah menempati gereja ini dan sering menjalin komunikasi dengan para pejabat negara seperti I.J. Kasimo dan Presiden Soekarno.
Pada masa perjuangan kemerdekaan tahun 1947-1948 digunakan sebagai tempat pengungsian penduduk setempat. Bangunan berbentuk persegi panjang ini mempunyai arsitektur gaya Eropa. Gereja ini dibangun dengan landasan beton, bentuk atapnya melengkung, pada bagian atap depan terdapat lonceng. Di dinding depan terdapat tujuh buah hiasan bulatan dengan lingkaran cincin yang sekaligus berfungsi sebagai ventilasi udara.
Bangunan ini telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya melalui Per.Men Budpar RI No. PM25/PW.007/MKP/2007. Gereja St. Yusup Bintaran terletak di Jalan Bintaran Kidul No. 5, Bintaran, Wirogunan, Mergangsan, Yogyakarta.
