Gedung TK dan SD BOPKRI Gondolayu terletak di Jl. Jendral Sudirman no. 24 Yogyakarta semula digunakan untuk sekolah kaum priyayi pada tahun 1908 dengan nama Koningen Wilhelmina School (KWS). Kemudian digunakan untuk anak – anak Belanda setingkat SD dengan nama Christelijke Europesche Lagere School yang mempunyai cabang di Bintaran Tengah no. 6 Yogyakarta.
Tujuan pendirian sekolah adalah membuka sekolah swasta yang setaraf dengan sekolah negeri sehingga dapat memperoleh subsidi dari pemerintah. Pada saat pendudukan Jepang, semua sekolah swasta ditutup. Setelah kemerdekaan, semua sekolah swasta dibuka kembali pada tanggal 5 Juli 1949, termasuk sekolah yang didirikan oleh Yayasan Bopkri.
Bangunan berciri arsitektur indis, pintu dan jendela rangkap berbentuk krepyak. Lantai dari tegel warna abu-abu. Bangunan menghadap utara, dibangun dengan bahan dasar batu, bata dan kayu. Bangunan berdenah U, pada bangunan barat dan timur dihubungkan dengan doorlop. Atap bangunan berupa genteng tanah liat. Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011.
