UPT Balai Yasa Yogyakarta terletak di Jl. Kusbini Yogyakarta. Bangunan Balai Yasa Yogyakarta merupakan bangunan berarsitektur indis. Balai Yasa Yogyakarta didirikan pada zaman Belanda tepatnya pada tahun 1914, yang dibangun dan dimiliki oleh Nederland Indische Spoorweg Maatschapij (NIS) dan bernama Centraal Werkplaats (bengkel pusat). Setelah kemerdekaan, perkeretaapian di Indonesia menjadi milik pemerintah Republik Indonesia.
Balai Yasa dahulu bernama Balai Karya, keduanya berarti bengkel. Sejak 6 Juni 1959, fungsi Balai Yasa Yogyakarta berubah dari bengkel serba guna menjadi bengkel lokomotif hingga sekarang yang ditandai peresmiannya oleh Direktur Jenderal Kepala Jawatan Kereta Api, Ir. Efendi Saleh. Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011.
