Dalem Yudonegaran dibangun pada masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwana VII. Bangunan tersebut ditempati oleh KRT. Yudanegara (Patih Danureja VII) bersama isterinya yaitu GKR. Dewi, yakni putri ke-38 Hamengku Buwana VII dari permaisuri GKR. Kencono.
Saat ini Dalem Yudonegaran ditempati oleh GBPH. Yudaningrat (putra ke-13 Hamengku Buwana IX dari Ibu KRAy. Hastungkara). Sejak awal didirikan, bangunan ini digunakan sebagai tempat tinggal. Dalam perkembangannya, pada bagian bangunan yang lain yaitu di sisi timur pendapa digunakan untuk Sekolah Menengah Farmasi dan Sekolah Asisten Apoteker. Pada bagian depan, di akhir tahun 1987 digunakan untuk Sekretariat PORDASI (Perkumpulan Olahraga Berkuda Seluruh Indonesia) sampai sekarang.
Bangunan dalem terdiri atas pendapa, pringgitan, dalem ageng, dan pavilun. Antara bangunan pendapa dan dalem dibatasi tembok seketheng dengan tiga pintu masuk. Langit-langit joglo berhiaskan lambang Keraton Yogyakarta berwarna merah, biru, hijau, kuning, dan putih yang berjumlah dua buah.
Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011. Dalem Yudonegaran terletak di Jalan Ibu Ruswo Nomor 35 Yogyakarta.
