Gereja Pugeran terletak di Jl. Suryaden No. 63 Pugeran, Yogyakarta. Bangunan ini didirikan untuk menampung umat di Yogya bagian selatan dan Bantul utara, karena pada masa itu di Yogya bagian selatan baru ada satu Gereja Katolik di Ganjuran. Gereja ini dibangun oleh arsitek J. TH. van Oyen dan Pastor A de Kuyper, SJ sebagai pengawasnya. Gereja ini diberkati dan diresmikan tanggal 8 Juli 1934 oleh Romo van Kalken, SJ. Selama masa perang kemerdekaan 19 Desember 1948 sampai 19 Juni 1949, menjadi tempat pengungsian dan perlindungan bagi penduduk di sekitar Gereja Pugeran serta sebagai tempat penghubung rahasia antara para pejuang gerilyawan perang kemerdekaan RI yang bergerak di dalam dan di luar kota Yogyakarta. Bangunan ini menghadap ke barat, menggunakan atap joglo tetapi sebenarnya menggunakan atap tajug yang disangga oleh 4 sokoguru di tengah ruangan, dimana keempat sokoguru tersebut melambangkan 4 rasul yang menuliskan Injil. Mencermati selubung tegak bangunan, nampak bahwa gereja tersebut juga mengacu pada arsitektur barat. Desain pintu masuk yang letaknya agak menjorok ke dalam dan memiliki 2 lapis daun pintu jelas mengambil model Eropa. Dinding ruangan menggunakan pasangan bata berplester dengan kolom pendukung konstruksi atap pada tepi bangunan yang menyatu dengan dinding serta 4 sokoguru di tengah ruangan. Sokoguru tersebut tidak menggunakan kayu tetapi beton dengan kolom. Konstruksi atap menggunakan atap baja yang membentuk atap tajug bersusun. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa gereja ini bergaya tradisional dengan arsitektur barat. Bangunan ini ditetapkan sebagai cagar budaya dengan Per.Men Budpar RI No. PM.89/PW.007/MKP/2011.
