Gedung SMP BOPKRI II dibangun masa pemerintahan kolonial Belanda tahun 1913. Sejak berdiri digunakan untuk sekolah Hollandsch Javaansche Pribumi (HJS) diperuntukan khusus untuk anak-anak pribumi (Jawa) dengan bahasa Belanda sebagai bahasa pengantarnya.
Bangunan berdenah persegi panjang menghadap ke utara, berlantai dua, terdiri atas beberapa ruang kelas, kepala sekolah, dan tata usaha. Bangunan lantai satu berada di bawah permukaan jalan raya kurang lebih 2 m, terdiri dari delapan ruang kelas dan lantai dua berjumlah sembilan ruang kelas.
Pintu dan jendela berukuran tinggi dan lebar dengan berdaun dua yang dicat warna hijau. Atap berbentuk limasan dengan penutup genteng tampak terkesan rendah karena atap dengan ruas yang lebar menjadi satu. Sebagian genteng lama diganti baru. Ruang kelas berplafon tinggi. Pada sisi selatan terdapat bangunan tambahan yang digunakan untuk ruang kelas.
Bangunan ini telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya melalui Per.Men Budpar RI No. PM25/PW.007/MKP/2007. Gedung SMP BOPKRI II terletak di Jl. Sultan Agung No. 2, Bintaran, Wirogunan, Mergangsan, Yogyakarta.
