Dalem Jayadipuran semula bernama Dalem Dipawinata yang dibangun tahun 1874 oleh Raden Tumenggung Dipawinata, seorang abdi dalem Bupati Anom di Keraton Yogyakarta. Pada tahun 1917 tanah dan dalem Dipawinata dihadiahkan kepada KRT Jayadipuran, seorang seniman dan arsitek Keraton Yogyakarta,. Bangunan tersebut diperbaiki dan diubah bentuknya menjadi seperti yang sekarang ini, dan akhimya terkenal dengan nama “Dalem Jayadipuran”.
Pada 1928 bangunan ini digunakan sebagai tempat Kongres Wanita I. Pada 1984 Dalem Jayadipuran dibeli oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Kemudian pada 1986 digunakan untuk Kantor Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional (BKSNT) atau yang sekarang bernama Balai Pelestarian Nilai Budaya (BPNB) Yogyakarta hingga sekarang.
Bangunan ini bergaya klasik Jawa dengan atap berbentuk limasan menghadap ke selatan, dengan kondisi lingkungan yang padat penduduk. Tampak depan bangunan yang relatif tinggi, sehingga terkesan ada pengaruh Eropa. Bangunan mengikuti pola rumah tradisional Jawa yang terdiri atas beberapa ruangan, yaitu kuncungan, topengan, pendopo, pringgitan, dalem, sentong, gandok, gadri, dan bangunan pelengkap lainnya.
Bangunan pendopo mempunyai 22 buah tiang penyangga, berlantai tinggi, dan dikelilingi dinding kayu (gebyok), sekarang diganti dengan pagar keliling besi. Bangunan Dalem Jayadipuran telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya melalui Per.Men Budpar RI No. PM25/PW.007/MKP/2007. Dalem Jayadipuran terletak di Jalan Brigjen Katamso, No. 139, Keparakan, Mergangsan, Yogyakarta.