Sekolah Marsudirini diawali oleh para suster OSF yang berkarya di Yogyakarta pada permulaan abad 20, dengan membuka Taman Kanak-kanak (Frobelschool ) pada 1 April 1902. Kemudian para suster OSF membuka Sekolah Dasar pada 1 Juli 1902 yang dinamai Leeschool. Tanggal 19 April 1904 diadakan upacara peletakan batu pertama pembangunan kompleks biara dan ruang-ruang sekolah. Tanggal 8 Desember 1904 gedung biara dan sekolah yang baru diberkati dan diberi nama Maria School (Sekolah Santa Maria).
Pada 28 Juni 1920 dibuka pendidikan Sekolah Dasar Interamata yang beralamat di Jalan Panembahan Senopati No. 30 Yogyakarta. Pada 1954, perkumpulan suster-suster Santo Fransiskus mendirikan Yayasan Marsudirini untuk menaungi seluruh aktivitas sekolah secara hukum, yang secara alamiah berdampak pada sebutan sekolah-sekolah yang dikelola oleh para suster Fransiskus tersebut menjadi sekolah Marsudirini.
Bangunan ini berbentuk bangunan indis, menghadap ke utara dan memanjang dari timur ke barat. Bentuk pintu dan jendela menggunakan krepyak dengan model daun pintu dan jendela ganda (kupu tarung). Bagian bagunan yang digunakan sebagai biara atau susteran adalah bagian tengah. Bangunan sangat tinggi dan di bagian atapnya terdapat salib. Denah bangunan ini kalau dilihat dari atas berbentuk salib.
