Pasareyan Hastana Kitha Ageng adalah sebutan untuk pemakaman Kerajaan Mataram Islam yang berada di sebelah barat Masjid Agung Mataram, dan dibangun bersamaan dengan selesainya pembangunan masjid, yaitu tahun 1511 Saka = 1589 M. Hastana Kitha Ageng adalah pemakaman kerajaan yang pertama dibangun oleh dinasti Mataram-Islam. Pembangunan pemakaman kerajaan ini dilaksanakan atas perintah Panembahan Senapati, dan dilakukan secara bertahap bahkan sesudah Panembahan Senapati meninggal pun masih terus dilanjutkan. Tampaknya sebelum Panembahan Senapati memerintahkan pembangunan pemakaman itu, sudah ada beberapa tokoh yang dimakamkan di tempat tersebut, di antaranya Ki Ageng Pemanahan, ayahanda Panembahan Senapati. Setelah meninggal, Panembahan Senapati dimakamkan di sebelah barat makam Ki Ageng Pemanahan sesuai dengan wasiatnya.
Seperti halnya Masjid Agung Mataram, pemakaman kerajaan ini juga dikelola Kesultanan Yogyakarta dan Kesunanan Surakarta secara bersama-sama. Oleh karena itu, kepada peziarah dikenakan tata cara adat dalam hal berpakaian dan hari ziarah. Pakaian yang harus dikenakan adalah pakaian Jawa untuk menghadap raja tanpa mengenakan perhiasan, sedangkan hari ziarah adalah hari Senin dan Jum’at. Secara umum, pemakaman ini terdiri atas dua unsur yaitu makam dan sendang (kolam) di sebelah barat daya. Adapun pintu masuk ke pemakaman berada di selatan halaman masjid. Pemakaman kerajaan ini mempunyai pagar keliling dari batu padas dan bata, serta terdiri atas tiga bagian/halaman. Halaman pertama berdenah segi empat seluas 27,5 x 30 m. Pada halaman ini terdapat sebuah bangsal tempat para abdi dalem berjaga dan mengurus administrasi peziarah. Halaman pertama ini bersifat profan, karena bersifat terbuka, dan peziarah dapat mengenakan pakaian sehari-hari.
Di halaman berikutnya yaitu halaman kedua yang juga berdenah segi empat terdapat empat buah bangunan yang biasanya dipakai peziarah untuk berganti pakaian, dan untuk menunggu giliran berziarah. Untuk masuk ke halaman kedua ini orang harus melalui sebuah gapura paduraksa berdaun pintu dari kayu. Halaman kedua ini tampak sudah bersifat semiprofan, karena peziarah sudah harus melepas alas kaki.
Halaman ketiga merupakan halaman utama yang dianggap paling sakral, karena di dalamnya terdapat makam-makam para pembentuk dinasti Mataram Islam, raja-raja masa awal Kerajaan Mataram Islam, beberapa raja masa berikutnya, beserta kaum kerabat mereka. Seluruhnya ada 627 makam. Makam-makam yang tertua dilindungi oleh suatu cungkup besar yang terdiri atas tiga bagian. Makam ini dan bagian belakang masjid pernah mengalami kebakaran hebat yang merusakkan bangunan-bangunan makam. Renovasi kemudian dilakukan atas perintah Sunan Paku Buwana X, dengan menggunakan bahan bangunan dan gaya arsitektur zaman itu.
Tokoh-tokoh yang dimakamkan di dalam cungkup besar di antaranya adalah: Ki Ageng Pemanahan, Ki Juru Martani, Nyi Ageng Nis, Panembahan Senapati, Panembahan Seda ing Krapyak, Sultan Hamengku Buwana II, dan empat Adipati Paku Alam. Menarik perhatian adalah makam Ki Ageng Mangir, yaitu salah seorang menantu sekaligus musuh Panembahan Senapati. Makam Ki Ageng Mangir ini separoh berada di dalam cungkup dan separoh berada di luar cungkup, sesuai dengan statusnya. Di samping itu juga terdapat banyak makam yang tidak dinaungi cungkup. Pemakaman ini sekarang sudah tertutup, dalam arti tidak ada lagi makam baru.