Gua Jepang 3 ini terletak di Ngreco, Seloharjo, Pundong, Bantul, DIY. Koordinat UTM : 49 M X : 0426277, Y : 9115706 Mdpl : 357. Gua ini mempunyai ukuran Ruang : 550 x 250 cm, Tinggi : 190 cm, Lebar pintu : 90 cm, Lubang ventilasi : 30 x 20 cm. Gua berada di bawah tanah dengan lubang pengintaian berada di atas permukaan tanah. Bangunan gua ini menghadap ke utara dan berdenah empat persegi panjang dengan ukuran ruangan yang cukup luas. Pintu masuk gua berada pada dinding sisi utara. Dinding gua terbuat dari tatanan batu karang, sedangkan atap gua dikerjakan dengan beton bertulang. Pada bagian atap terdapat 2 lubang ventilasi berukuran sama.
