Bangunan ini berada di Jalan Tamansiswa 4 Yogyakarta. SD Margoyasan didirikan oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1901. Sekolah ini merupakan sekolah kelas 2 (ongko 2) yang diperuntukkan bagi anak-anak rakyat jelata. Bangunan gedung SD Margoyasan ini merupakan gedung tertua milik Hindia Belanda untuk sekolah kelas 2 sehingga dapat dikatakan bahwa sekolah Margoyasan ini merupakan sekolah kelas 2 nomor 1 sedangkan sekolah kelas 2 nomor 2 terletak di Jetis. Sekolah Margoyasan ini dahulu termasuk di daerah Kadipaten Pakualam. Kemudian pada tahun 1903, Pemerintah Hindia Belanda menambah sekolah Kelas 2 lagi yaitu sekolah Kelas 2 Nomor 3, 4, dan 5. Sekolah Kelas 2 nomor 3 berada di Ngabean dengan nama Sekolah Kelas 2 Ngabean, sedangkan sekolah kelas 2 Nomor 4 disebut Sekolah Pakualaman yang gedungnya bergandengan dengan Sekolah Margoyasan. Kompleks Sekolah Margoyasan ini disebut juga Marpabintul karena dalam satu kompleks sekolah terdiri atas Sekolah Margoyasan, Pakualaman, Bintaran, dan Sentul. Pada tahun 2001, keempat sekolah ini mengalami regrouping dan menjadi SD Margoyasan. (Himawan Prasetyo)
