Perintis pendirian Gereja Santo Antonius Kotabaru adalah Romo F. Strater. Sebelum gereja tersebut berdiri, Romo F. Strater merintis pendirian Kolsani (Kolese Santo Ignatius) dan Novisiat Kolsani yang telah dimulai pada tanggal 18 Agustus 1922. Kolsani ini juga mempunyai kapel yang terbuka untuk umum. Dengan adanya perkembangan umat yang terus bertambah maka Romo F. Strater memandang perlu didirikan gereja yang lebih besar dan representatif, tetapi dengan suatu syarat bahwa gereja tersebut diberi nama St Antonius van Padua. Pembangunan gereja tersebut selesai pada tahun 1926. Pada masa pendudukan Jepang tahun 1942 Kolsani menjadi tempat penampungan suster-suster dan wanita-wanita Belanda interniran, Seminari Tinggi yang letaknya di sebelah barat gereja menjadi kantor tentara Jepang dan Gereja Santo Antonius Kotabaru menjadi gudang dan kemudian tidak berfungsi lagi menjadi gereja. Pada tahun 1944 pastur pertama Kotabaru Rama Strater SJ dibunuh oleh tentara Jepang karena mengadakan rapat rahasia bagi beberapa kepala sekolah Kanisius seluruh D.I. Yogyakarta. Oleh karena Gereja Kotabaru sudah tidak berfungsi lagi menjadi gereja maka kemudian dicarikan sebuah rumah kuno berbentuk joglo di daerah Kumetiran. Rumah ini kemudian dijadikan gereja. Setelah Jepang mengalami kekalahan dalam Perang Dunia II tahun 1945, maka  Kolsani dan Gereja Santo Antonius Kotabaru berfungsi kembali menjadi gereja seperti semula.