Dilihat dari fungsinya, Gua Jepang Pundong mempunyai fungsi yang beragam, antara lain:
- Gua untuk kepentingan penembakan, yang diindikasikan menggunakan senjata artileri berat (meriam), terletak di tepi pantai, jumlahnya satu buah (Gua 19 atau Gua KR).
- Gua-gua untuk kepentingan penembakan, yang diindikasikan menggunakan senapan mesin ringan, terletak di lereng-lereng pegunungan yang menghadap lembah atau dataran rendah, jumlahnya tujuh buah (Gua 4, 5, 9, 10, 13, 18, 20).
3. Gua-gua yang bagian atasnya ada fasilitas menara pengintaiannya, terletak di puncak pegunungan, jumlahnya tiga buah (Gua 2, 7, 11).
4. Gua untuk kepentingan logistik dan akomodasi pasukan, terletak di dekat lapangan upacara, jumlahnya satu buah (Gua 16).
5. Gua-gua khusus untuk kepentingan penyimpanan amunisi dan bunker pasukan, terletak di pegunungan dan juga terdapat gua-gua penembakannya, jumlahnya delapan buah (Gua 1, 3, 6, 8, 12, 14, 15, 17).