Secara administratif Gua Jepang terletak di dua kabupaten, yakni Kabupaten Bantul dan Kabupaten Gunungkidul. Jumlah Gua Jepang ada 20 buah, 16 buah (Gua Jepang 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17) berada di Dusun Ngreco dan Dusun Poyahan, Desa Seloharjo, Kecamatan Pundong, Kabupaten Bantul, dan 4 buah lainnya (Gua Jepang 1, 18, 19/KR, 20) berada di Kecamatan Purwosari, Kabupaten Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Pada tahun 1942 tentara Jepang masuk ke wilayah Indonesia dengan tujuan membentuk hegemoni di wilayah Asia Timur Raya. Politik penguasaan yang dijalankan Jepang berdasar pada semboyan 3 A, yaitu Jepang Pemimpin Asia, Jepang Penguasa Asia, dan Jepang Cahaya Asia. Masuknya tentara Jepang ke Indonesia diawali dengan mendaratnya Jepang di Balikpapan pada tanggal 20 Januari 1942. Selanjutnya Jepang menduduki Pontianak, Martapura, dan Palembang. Di Jawa, Jepang pertama kali mendarat di Eretan pada tanggal 1 Maret 1942.
Jepang menduduki Yogyakarta pada tanggal 5 Maret 1942. Pada saat pendudukan inilah tentara Jepang banyak membangun daerah pertahanan, baik yang berada di pegunungan (Kaliurang), daerah pesisir (Parangtritis), dan juga daerah lainnya yang dianggap strategis (Lapangan terbang Maguwo dan sekitarnya). Di daerah pesisir Yogyakarta, fasilitas perlindungan dan pertahanan yang dibangun tentara Jepang berupa gua-gua, yang kini disebut Gua Jepang. Gua Jepang dibuat dari bahan dasar beton bertulang dengan pintu dari kayu. Luas keseluruhan Gua Jepang sekitar 12 hektar. Gua dibangun dengan membuat lubang di dinding-dinding bukit dengan kedalaman lorong yang bervariasi. Ukuran pintu gua sekitar 1,5 m x 1,5 m. Ketebalan rata-rata dinding betonnya 30 – 60 cm.
Gua-gua yang dibangun di sekitar pantai dengan gua-gua yang dibangun di daerah pegunungan merupakan satu kesatuan strategi pertahanan yang saling terkait. Gua-gua yang ada di pegunungan antara satu dengan lainnya dihubungkan dengan fasilitas jalan-jalan berparit. Sebagaimana area militer pada umumnya, di tempat tersebut juga dilengkapi dengan lapangan untuk upacara atau keperluan-keperluan kemiliteran.
Tentara Jepang membangun gua-gua pertahanan dan perlindungan secara lengkap dalam rangka operasi pertahanan wilayah regional. Gua-gua tersebut dibuat di sekitar pantai, karena hal ini merupakan strategi untuk mengantisipasi kemungkinan adanya pendaratan tentara Sekutu di sepanjang pantai Laut Selatan.
Pada tahun 2016, Balai Pelestarian Cagar Budaya Daerah Istimewa Yogyakarta melaksanakan kegiatan Zonasi Cagar Budaya di Gua Jepang Pundong. Dalam kegiatan tersebut ditemukan lagi satu buah gua, yaitu Gua Jepang 20. Gua tersebut termasuk gua dengan satu lubang untuk melakukan penembakan. Gua Jepang 20 terletak di wilayah Kecamatan Purwosari, Kabupaten Gunungkidul.
Dari dua puluh gua yang ada, enam belas gua berada di wilayah Pundong, Bantul, dan empat gua berada di wilayah Purwosari, Gunungkidul (Gua Jepang 1, 18, 19/KR dan 20). Saat ini bangunan Gua Jepang 19 berada di tanah yang dikuasai oleh PT Kedaulatan Rakyat (KR). Dari keseluruhan Gua Jepang yang ada, delapan belas gua dikelola oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Daerah Istimewa Yogyakarta.
Sebagai bangunan yang mempunyai arti penting bagi ilmu pengetahuan, sejarah, kebudayaan dan pendidikan, maka upaya pelestarian harus terus dilakukan secara berkelanjutan sebagaimana yang diamanatkan dalam Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2010 tentang Cagar Budaya.
