Gedung SMA BOPKRI I Yogyakarta pada mulanya digunakan sebagai Christelijk MULO School. Bangunan ini didirikan pada tahun 1922. Meer Uitgebreid Lager Onderwijs (MULO) merupakan sekolah lanjutan tingkat pertama, setingkat sekolah menengah pertama (SMP) sekarang.
Penggunaan gedung ini sebagai sarana pendidikan hanya bertahan sampai tahun 1941. Hal ini karena terjadi Perang Dunia II dan pendudukan tentara Jepang pada tahun 1942 – 1945 di Kota Yogyakarta. Pada masa pendudukan Jepang, gedung digunakan sebagai tangsi militer.
Pada masa revolusi, tepatnya 31 Oktober 1945, Militer Academie (MA) berdiri. Militer Academie kemudian menggunakan gedung ini sebagai pusat pendidikan militer. Untuk asrama para kadet, berada di Normal School (sekarang SMP Negeri 5 Yogyakarta) yang berlokasi tepat di seberang dari gedung ini. Sampai dengan tahun 1950, Militer Academie Yogyakarta telah meluluskan dua angkatan. Di tahun yang sama, Militer Academie ditutup sementara karena alasan teknis.
Pada tahun 1950 sampai tahun 1951 gedung ini digunakan oleh SMA Negeri 5. Mulai tahun 1951 sampai sekarang bangunan bekas Akademi Militer tersebut digunakan oleh SMA BOPKRI I Yogyakarta.
Bangunan berciri Indis dengan atap kampung bertipe tinggi. Fisik bangunan sejak awal direncanakan sebagai bangunan sekolah, sehingga ciri arsitektur Indis yang diterapkan lebih banyak bertujuan untuk kenyamanan dalam kegiatan belajar.
Gaya bangunan tampak pada atap bagian depan berjendela tingkat, atas dan bawah dengan dibatasi oleh atap teras. Tampak gaya arsitektur Eropa pada dinding, pintu, dan jendela tetapi tidak tampak ornamen.
Secara fisik bangunan SMA BOPKRI I Yogyakarta memiliki korelasi spasial dengan keberadaan kawasan cagar budaya Kota Baru. Kota Baru di masa Hindia Belanda, merupakan sebuah permukiman warga Belanda yang berada di pusat kota Yogyakarta.
Bangunan ini telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya melalui Per.Men Budpar RI No. PM25/PW.007/MKP/2007. Gedung SMA BOPKRI I Yogyakarta terletak di Jalan Wardani No. 2, Kotabaru, Gondokusuman, Yogyakarta.
