Tulang Manusia yang diduga pendukung budaya gua di kawasan karst Sangkulirang-Mangkalihat ditemukan dalam dua kubur di situs Gua Keboboh. Kubur pertama ditemukan dekat dengan pintu masuk ke gua, dengan kondisi gigi yang cukup lengkap mengindikasikan tulang milik individu yang berusia muda. Kubur kedua yang ditemukan kurang lebih 1,5 meter dari kubur pertama dengan posisi rangka terlipat seperti sedang memegang lutut tanpa tengkorak yang berasosiasi dengan cangkang siput dan artefak batu dari bahan kalsedon.
Pada Ceruk Jon yang lokasinya tidak begitu jauh dari Gua Keboboh juga ditemukan kerangka manusia pada kotak galian yang dibuka pada tahun 2005 dengan posisi membujur tampa tengkorak, uniknya tengkorak seakan diganti dengan sebongkah batu. Kerangka manusia ditemukan pada kedalaman 60 cm dari permukaan tanah. Menurut Harry Widianto menyebut bahwa temuan kerangka manusia yang ditemukan mennyerupai temuan di Teouma, Vanuatu, di Kaledonia Baru di wilayah Pasifik.
Selain di kedua situs tersebut, juga terdapat di gua kimanis yang ditemukan tiga rangka manusia. Dua rangka di kubur mengunakan sistem penguburan primer langsung ditanah dalam posisi tertekuk, dan satu lagi merupakan penguburan sekunder ketika sudah menjadi tulang belulang. Karakter gigi yang ditemukan menunjukan kesamaan dengan pengumpul makanan yang bukan berbasis pertanian. Lapisan tanah temuan rangka yang juga sama dengan temuan gerabah mengindikasikan bahwa saat memasak dengan gerabah diperkenalkan, pola makan penghuni Gua Kimanis masih tetap sama seperti sebelumnya, penjelasan dari Karina Arifin 2006.
Temuan rangka manusia dibeberapa gua membuktikan kebenaran dugaan adanya hunian gua di kawasan karst Sangkulirang Mangkalihat. Dikatakan tidak sejaman dengan gambar cadas yang ada di kawasan tersebut tapi hal ini membuktikan atas jawaban temuan lain seperti artefak batu dan tulang yang diyakini sebagai alat, sisa sisa hewan , pecahan gerabah, serta sisa pembakaran. Lokasi temuan yang berada pada beberapa gua atau ceruk memperkuat dugaan pemanfaatan gua alam pada formasi karst sebagai kawasan hunian. Keanekaragaman temuan dan kronologi yang tidak sejaman justru menunjukkan bahwa gua dan ceruk di kawasan Karst Sangkulirang-Mangkalihat dengan hutan yang rapat, serta ketersediaan air yang melimpah, merupakan tempat ideal untuk menetap dan relatif aman bagi penghuninya.
