Sekurang-kurangnya, ada empat versi asal-usul nama Kota Samarinda, yaitu:
- Samarinda berasal dari Bahasa Melayu, kata “sama” dan “rendah berdasarkan persamaan ukuran tinggi rumah-rumah rakit-terapung penduduk di Samarinda Seberang yang tidak ada lebih tinggi antara satu dengan yang lain, yang juga bermakna tatanan kemasyarakatan yang egaliter.
- Samarinda berasal dari Bahasa Banjar, kata “sama” dan “rendah berdasarkan persamaan ukuran tinggi Sunga Mahakam dengan daratan di tepiannya yang sama-sama rendah.
- Samarinda berasal dari Bahasa Sanskerta, yaitu
- ”Samarindo” yang berarti salam sejahtera.
- Berdasarkan tradisi lisan bahwa nama Samarinda berasal dari Bahasa Melayu dari kata “samar” dan “indah”.