Goa Selonding secara administratif berlokasi di Banjar Kangin, Desa Pecatu, Kecamatan Kuta Selatan, Badung. Gua ini terletak bersebelahan dengan Pura Selonding pada lereng tebing perbukitan kapur yang sangat curam pada titik koordinat 50 L 0292727, 9021855 UTM, dengan ketinggian 155 mdpl. Dengan batas-batas :
Utara : Tegalan
Timur : Tegalan
Selatan : Tebing, Laut Selatan
Barat : Tegalan
Untuk menuju Gua Selonding saat ini sudah terdapat akses berupa tangga yang langsung menuju mulut gua.
Mulut gua menghadap ke selatan menuju laut lepas Samudra Hindia. Lebar pintu masuk gua 2,5 meter dan tinggi 2,5 meter. Panjang gua 9,5 meter, lebar 12 meter dan tinggi langit-langit tertinggi 4,2 meter. Sinar matahari bisa menembus gua yang menjadikan gua ini cukup terang dan sirkulasi udara yang sangat lancar.
Berdasarkan sejarahnya Pura Goa Selonding merupakan peninggalan jaman prasejarah yaitu pada masa berburu (Mesolithikum), khususnya pada masa kehidupan berburu makanan yang diperkirakan berumur kurang lebih 2500 sebelum masehi Berdasarkan penelitian arkeologis pada tahun 1961 oleh R.P.Soejono telah ditemukan bukti-bukti mengenai kehidupan manusia pada masa mesolithik di Gua Selonding, Ungasan (Badung). Goa ini terletak di Pegunungan gamping di Semenanjung Benoa, memberikan suatu bukti tentang kehidupan yang pernah berlangsung di sana. Dalam penggalian di goa Selonding ditemukan alat-alat terdiri dari alat serpih, serut, sudip, lacipan, tulang-tulang binatang, beberapa pecahan kulit molusca dan sejumlah alat-alat dari tulang. Di antara alat-alat tulang terdapat beberapa lencipan muduk yaitu sebuah alat sepanjang 5 cm yang kedua ujungnya diruncingkan. Hal itu telah memberi gambaran telah adanya aktivitas kehidupan di sana pada masa itu.
Dalam perkembangan selanjutnya yaitu pada masa Raja Bali Kuna yang berkuasa di Bali, maka mulailah Pura Goa Selonding yang terletak di Desa Ungasan (Badung) dimanfaatkan sebagai tempat suci. Dikarenakan goa ini dianggap memiliki daya magis dan sering terdengar suara gamelan selonding, sekalipun tidak pernah ditemukan gamelan selonding di sana. Pura ini diperkirakan mulai eksis sejak kedatangan Danghyang Nirartha ke sana dalam lawatannya ke daerah selatan, dan beliau diwujudkan dalam sebuah pelinggih yang ada di Pura Goa Selonding yang disebut Ida Bhatara Sakti Wawu Rauh (wawancara dengan Jero Mangku Suprapta di Ungasan).
Pura Goa Selonding di Desa Ungasan ini diperkirakan memiliki kaitan erat dengan Pura Dalem Selonding yang ada di Besakih. Dugaan tersebut didasarkan pada struktur bangunan dan pelinggih di Pura Goa Selonding, di mana bangunan pokok yang dianggap sebagai pelinggih utama adalah linggih untuk Ratu Gede Cakra Sari. Nama itu diduga perubahan dari nama Ratu Gede Cakra Kesari yang dapat dihubungkan dengan raja Sri Wira Dalem Kesari. Jika dugaan ini benar, maka Pura Goa Selonding di Ungasan mempunyai latar belakang sejarah yang sama dengan pura Dalem Selonding di Besakih yang diperkirakan berasal dari zaman pemerintahan Sri Kesari Warmadewa yang memerintah di Bali sekitar tahun 825 Çaka (903 masehi). Istana atau puri Dalem Kesari Warmadewa di Besakih diberi nama Bumi Kuripan (www.wordpress.com/2011/12/12/sejarah-purbakala-bali.html).
Kepercayaan-kepercayaan yang hidup di dalam masyarakat pengemong dan penyiwi bahwa Pura Goa Selonding banyak dimanfaatkan untuk melakukan permohonan seperti: memohon penyucian diri (meditasi) dan kawisesan, serta memohon keselamatan (penglukatan)
