Perhatian terhadap cagar budaya di wilayah Indonesia secara formal ditandai dengan berdirinya “Oudheidkundige Dienst in Nederland-Indie” (Jawatan Purbakala) yang mempunyai tugas menyusun, mendaftar dan mengawasi peninggalan purbakala di seluruh wilayah kepulauan Indonesia.
Pendirian Jawatan Purbakala berdasarkan atas dengan keputusan Pemerintah Hindia- Belanda Nomor : 62, Tanggal 14 Juni 1913. Selama kurun waktu penjajahan Belanda-Jepang, dalam melaksanakan tugasnya Jawatan Purbakala telah berhasil mengungkap, melindungi dan merekonstruksi peninggalan purbakala, khususnya di wilayah Pulau Jawa.
Setelah masa kemerdekaan Jawatan Purbakala mulai membuka kantor di daerah. diantaranya di Jogjakarta, Prambanan dan Makasar. Pada Awal tahun 1951 Jawatan Purbakala dilebur menjadi Dinas Purbakala di bawah naungan Administrasi Jawatan Kebudayaan Kementerian P. P dan K. Bersamaan dengan itu di Provinsi Bali dibentuk Dinas Purbakala Seksi Bangunan Cabang Makasar yang berlokasi di Desa Bedulu, Kab. Gianyar dibawah pimpinan J. C Krijgsman. Pertimbangan pemilihan Desa Bedulu sebagai lokasi kantor didasari hasil inventarisasi dan pendokumentasian yang dilakukan Jawatan Purbakala yang menunjukkan keberadaan peninggalan purbakala menyebar di seluruh wilayah Bali dengan populasi paling padat terdapat di daerah Gianyar yaitu Desa Bedulu dan Pejeng.
Dinas Purbakala Seksi Bangunan Cabang Makasar inilah menjadi cikal bakal dari Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Wilayah Kerja Provinsi Bali – Nusa Tenggara Barat -Nusa Tenggara Timur dan Timtim, yang kemudian setelah keluarnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0767/O/1989, tanggal 7 Desember 1989 berubah menjadi Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Gianyar, selanjutnya sejak Januari 2003 berubah nama menjadi Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala, tahun 2012 berubah nama menjadi Balai Pelestarian Cagar Budaya Gianyar, tahun 2015 terjadi perubahan nama menjadi Balai Pelestarian Cagar Budaya Bali Wilayah Kerja Provinsi Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur, dan pada tahun 2020 berubah menjadi Balai Pelestarian Cagar Budaya Provinsi Bali Wilayah Kerja Provinsi Bali, Nusa Tenggara Barat, dan Nusa Tenggara Timur.