Ancaman (threats) adalah merupakan sebuah kondisi yang memungkinkan adanya faktor dari dalam maupun dari luar situs yang berpotensi menimbulkan kerusakan pada situs. Ada dua jenis ancaman, yaitu ancaman dari manusia dan ancaman dari alam.
Kerusakan yang disebabkan oleh ulah manusia
- Vandalisme
Vandalisme atau kerusakan situs yang diakibatkan oleh ulah manusia di Situs Wadu Pa’a terlihat pada sekitar dinding situs, relief-relief, dan ceruk-ceruk berupa corat-coret di beberapa bagiannya. Ada juga corat-coret yang dilakukan dengan cara menggoreskan benda tajam. Hal ini dapat dihindari dengan adanya pemahaman kepada pengunjung mengenai kesadaran akan arti pentingnya tinggalan di Situs Wadu Pa’a.
- Pelestarian yang salah
Yang dimaksud dengan pelestarian yang salah dalam hal ini adalah usaha pelestarian (preservation) yang dilakukan dengan tujuan yang baik, tetapi dilakukan dengan tidak berkoordinasi dengan pihak-pihak yang berwenang. Berkaitan dengan Situs Wadu Pa’a, ada satu hal yang menggangu yaitu adanya sempadan (talud) yang dibangun terlalu dekat dengan Situs Wadu Pa’a sektor I. Tujuan pembuatan sempadan (talud) ini baik yaitu mencegah aliran air dari atas yang langsung menuju ke ceruk Situs Wadu Pa’a. Jika dibiarkan terus menerus, aliran air ini lama kelamaan akan menggerus ceruk dan pada akhirnya akan merusak relief yang ada. Untuk menanggulanginya dibuatlah sempadan atau penahan air, sehingga air yang dari atas tidak langsung mengenai ceruk, tetapi kemudian mengalir ke aliran yang sudah disediakan. Tetapi di dalam prakteknya, karena tidak adanya koordinasi, bangunan tambahan berupa sempadan (talud) yang seharusnya dibuat dengan aturan tertentu dan jarak tertentu dari zona inti dibuat terlalu dengan dengan situs, dengan jarak kurang lebih 1,5 meter dari atap ceruk. Hal ini akan mengganggu keaslian situs dan melanggar aturan pembangunan ditiap zona dalam suatu situs cagar budaya.
Kerusakan yang disebabkan oleh alam
- Abrasi
Lokasi Situs Wadu Pa’a yang berada tepat di bibir pantai membuat situs ini rawan terkena imbas abrasi air laut yang secara terus menerus mencapai batas paling luar Situs Wadu Pa’a, sehingga membuat tanah di sekitarnya menjadi terkikis.
- Vegetasi
Mengingat banyaknya pepohonan besar yang tumbuh dekat relief Situs Wadu Pa’a dikhawatirkan akarnya akan dapat mengganggu stabilitas tanah di sekitar relief Situs Wadu Pa’a, yang nantinya akan berpengaruh terhadap kondisi relief-relief Situs Wadu Pa’a secara langsung.
- Gempa Bumi
Kabupaten Bima merupakan wilayah yang cukup rentan terhadap bencana alam, seperti misalnya gempa bumi. Hal ini juga dapat mengancam kelestarian Situs Wadu Pa’a. Gempa yang terjadi berpotensi menimbulkan kerusakan secara mekanis terhadap relief Situs Wadu Pa’a, karena bengaruh getaran yang cukup besar.
- Fluktuasi Suhu
Fluktuasi suhu yang terjadi secara ekstrem, apalagi mengingat Situs Wadu Pa’a berada di wilayah yang dekat dengan laut membuat butiran-butiran air yang mengandung garam-garam terlarut dapat dengan mudah sampai ke bidang permukaan relief Situs Wadu Pa’a. Penggaraman ini berpotensi menimbulkan pelapukan secara fisis dan chemis yang akan menimbulkan keausan pada permukaan bidang relief.
