Sebagai amanat dari penetapan UNESCO, pemerintah Indonesia diharuskan untuk melakukan pengelolaan agar nilai-nilai penting universal (Outstanding Universal Value) sebagai dasar penetapan harus terus terjaga dan dipertahankan kelestariannya. Bentuk nyata keseriusan pemerintah Indonesia adalah dengan melakukan perencanan matang terhadap pengelolaan Situs Sangiran. Pada tahun 2004 pemerintah melalui Direktorat Jenderal Sejarah dan Purbakala, Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata menyusun Master Plan Rencana Induk Pelestarian dan Pengembangan Kawasan Sangiran. Detail Enginering Design (DED) sebagai tindak lanjut Master Plan selesai dibuat pada tahun 2007.
Mengacu pada Master Plan dan DED tersebut, pada tahun 2007 disahkan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata No. PM.17/HK.001/MPK/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran. Dinamika kelembagaan pada pemerintahan mengalami perubahan susunan kementerian. Pada tahun 2012 UPT Balai Pelestarian kembali tergabung ke dalam Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 54 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja BPSMP Sangiran. Peraturan tersebut kemudian diperbarui dengan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 30 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja BPSMP Sangiran.
Perkembangan terakhir, melalui Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayan Nomor 31 Tahun 2015 menyebutkan bahwa Unit Pelaksana Teknis Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran bertanggung jawab dan berkedudukan di bawah Direktorat Jenderal Kebudayaan, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan dan mempunyai tugas melaksanakan pelindungan, pengembangan, dan pemanfaatan situs manusia purba.
