Gereja Beth Eden dibangun pada tahun 1750 oleh Josafat Holle, penduduk asli Desa Ameth. Beth Eden sendiri berarti membawa berkat. Namun sayangnya pada akhir abad ke-18 terjadi gempa bumi besar yang meluluh lantakkan hampir seluruh Kepulauan Maluku termasuk bangunan gereja ini. Terbukti, dinding tembok mengalami keretakan dan sebagian menjadi runtuh, sehingga diputuskan untuk memperbaiki bangunan ibadah ini.
Pemugaran gereja dilakukan pada masa pemerintahan Raja Dominggus Tuwanakotta (1866 – 1918) dan memakan waktu selama 6 tahun dari 1906 sampai 1912. Tembok gereja diganti dengan papan akan tetapi tidak merubah bentuk dan konstruksi bangunan. Peresmian perbaikan gereja pada tanggal 16 November 1912, ini tertera pada prasasti gedung gereja yang terletak di sebelah kiri pintu masuk bagian selatan. Hingga saat ini, bangunan masih tetap diperuntukkan sebagai tempat ibadah.
Berikut adalah keterangan pada prasasti tersebut :
BETH.EDEN
DIPEROES : PADA 10_6_1906
OLEH
RADJA A. TUWANKOTTA
DAN KAPALA2 SOA
T: KAJOE A. HOLLE DAN KENCHT2
T: BATOE E. MANDUAP : DAN KNECHT2
DAN BALA2 DI AMETH
DITAHB. PADA 16_11_1912
OLEH
PENDETA A.v.d. LINDEN
DAN 4 GOEROE AGAMA
Gereja ini sudah mengalami 2 kali pemugaran seperti prasasti yang dibuat. Pemugaran pertama dilakukan dan diresmikan oleh Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Maluku pada tanggal 19 November 1989. Pemugaran terakhir dikerjakan mulai tanggal 29 Maret 2009 dan selesai tanggal 20 Desember 2009 oleh para tukang :
- Layan (Kepala Tukang)
- Mairuhu
- Pattinasarany
- Pattinasarany
- Pattinasarany
- Sitaniapessy
- Wairissal
- Molle
- Simatauw
- Mairuhu
- Manuhua
- Parinussa
- Pattiasina
- Maipauw
- Husepuny
- Sitaniapessy
- Picauly
- Pattianakota
- Aponno
- Mairuhu
- Pelupessy
- Kakiaylatu
- Mairuhu
- Wairisal
- Mailoa
- Parinussa
- Sopacua
- Berhitu
- Soumokil
- Manduapessy
- Soumokil
- Turubassa
- Ayawaila
- Samallo
- Manduapessy
Gereja dengan bentuk segi delapan ini, secara keseluruhan dapat dikatakan dalam kondisi yang cukup baik. Terdapat beberapa catatan seperti bentuk masih menyerupai aslinya, namun bahan dari pagar sudah diganti (hanya bentuknya saja yang masih dipertahankan). Beberapa dinding, catnya sudah mengelupas. Kemudian ada juga engsel pintu yang rusak. Besi-besi pada ventilasi juga walaupun sudah dicat ulang, tapi tampak berkarat.