Kompleks Museum Mulawarman, Tenggarong, merupakan tempat yang tepat untuk menggali sejarah mengenai salah satu kesultanan tertua di Indonesia, Kutai Kartanegara Ing Martadipura. Selain bangunan Keraton dari era Sultan Aji Muhammad Parikesit, di Kompleks Museum Mulawarman ini terdapat situs bersejarah yang lain, yaitu Makam Kesultanan Kutai Kartanegara Ing Martadipura. Kompleks makam ini menjadi tempat persemayaman terakhir lebih dari 140 anggota keluarga Kesultanan Kartanegara. Sebagian di antaranya adalah para sultan yang pernah berkuasa sejak berdirinya Tenggarong.
Munculnya pemakaman keluarga kerajaan ini diduga hampir bersamaan dengan berdirinya Kota Tangga Arung di Tepian Pandan pada 28 September 1782 Masehi.
Peristiwa ini terjadi setelah Aji Imbut berhasil merebut tahta Kesultanan Kutai dari Aji Kado yang berkuasa di ibukota lama (Pemarangan) dan secara resmi dinobatkan menjadi Sultan Kutai dengan gelar Sultan Aji Muhammad Muslihuddin. Nama Tangga Arung kemudian hari berubah menjadi Tenggarong. Kota Tenggarong (Tangga Arung) kemudian menjadi pusat pemerintahan bagi Kesultanan Kutai sejak masa pemerintahan Sultan Aji Muhammad Muslihuddin (1780-1816 M) hingga berakhirnya Kesultanan Kutai pada tahun 1960.
Aji Imbut (Sultan Aji Muhammad Muslihuddin) menjadi sultan pertama yang dimakamkan di kompleks pemakaman ini. Dia wafat pada tahun 1838 Masehi. Beberapa sultan lain yang tercatat dimakamkan di kompleks ini yaitu Aji Muhammad Salehuddin (1816-1845 M), Aji Muhammad Sulaiman (1850-1899 M), dan Aji Muhammad Parikesit (1920-1960 M). Selain para sultan tersebut, turut dimakamkan para istri dan putra-putri mereka. Terdapat pula sejumlah ulama Kesultanan yang turut dimakamkan dalam kompleks ini sebagai bentuk penghormatan atas jasa-jasa mereka dalam mensyiarkan ajaran Islam di lingkungan Keraton.
Keberadaan kompleks Makam Kesultanan Kutai ini menjadi suatu indikasi akan adanya upaya untuk menyatukan makam Kesultanan Kutai dalam satu lokasi. Meski demikian, terdapat beberapa pengecualian, karena terdapat sejumlah situs makam yang terpisah dari kompleks ini. Salah satu makam yang terpisah adalah makam Sultan Muhammad Alimuddin (1899-1910 M). Makam sultan ini terdapat di perbukitan Kampung Melayu Tenggarong. Ada pula makam Panglima Legendaris Kesultanan Kutai, Awang Lor, yang gugur dalam perang melawan Belanda dan dimakamkan di Kelurahan Sukarame serta Pangeran Notonegoro, pemangku jabatan sultan semasa Aji Muhammad Parikesit masih kecil, yang dimakamkan di belakang Markas Kompleks makam raja-raja Kutai telah ada sejak Raja Aji Imbut atau H. Muhammad Muslihudin.
Kompleks makam ini adalah kompleks makam Kesultanan Kutai Kartanegara mulai dari Sultan Muhammad Idris sampai dengan Sultan Parikesit. Sultan Muhammad Idris merupakan ssultan yang paling tua, wafat tahun 1208 H dan yang paling muda Sultan parikesit wafat 1312 H. Nisan-nisan makam tersebut sudah banyak yang diganti, bukan nisan aslinya lagi. Tipe nisan yang ada memperlihatkan tipe Aceh dan Bugis.
