Gua Keboboh terdiri atas atas tiga ruang gua yang besar masing-masing disebut Keboboh 1, Keboboh 2, dan Keboboh 3. Ketiga ruang gua ini berada dalam satu lintasan yang panjangnya tidak lebih dari 500 m dirunut dari bagian utara ke bagian selatan. Ruang dalam gua dihubungkan dengan sistem lorong, dimana masing-masing ruang dapat diakses dari ketiga mulut yang berada pada bagian barat, begitupun pada ruang bagian atas di sisi utara namun dengan akses yang cenderung sulit dengan tebing yang cukup curam dengan lebar tidak lebih dari 1 meter, akses termudah memasuki ruang bagian atas pada bagian atas dapat diakses melalui mulut pada bagian utara dengan menyusuri kaki bukit sampai ke lereng tengah dari Pegunungan Gergaji sisi barat dengan kemiringan 800 dan waktu tempuh ± 20 menit dari pondok pak Anus. Berikut ini akan dideskripsikan Gua Keboboh 3:
Pada Gua Keboboh 3, lantai gua pada ruang pertama memiliki variasi elevasi, dari rata dengan ketinggian pada mulut gua pada sisi utara sedangkan pada tengah menurun dan di sisi selatan terdapat aliran sungai yang menurut informasi dari Pak Pindi air sungai berasal dari aliran Sungai Marang yang masuk melalui sisi utara Gua Tebor. Pada ruang kedua yaitu ruang gelap lantai bergelombang. Baik ruang pertama maupun kedua terdapat stalaktit dan stalagmit aktif serta pilar-pilar dengan ukuran yang besar.
Ruang pertama mendapat cahaya matahari langsung, stalaktit dan stalagmit maupun pilar yang terkena cahaya langsung ditumbuhi lumut hingga berwarna hijau sedangkan yang terlindung dari cahaya matahari langsung tetap berwarna putih. Bagian atap gua di dekat mulut gua terdapat lubang sehingga cahaya masuk dari atas. Pada beberapa bagian langit-langit gua terdapat tangga bambu dan tali tambang yang dimanfaatkan oleh masyarakat untuk mengambil sarang walet.
Morfologi luar gua tebing terjal dengan kemiringan sisi atas gua 900, sedangkan dari mulut gua ke kaki gunung dengan kemiringan lereng 500. Pada kaki gunung hingga sungai morfologi landai. Gua terdekat dengan mulut Gua Keboboh 3 adalah Gua Mentis di sisi selatannya.
Temuan moluska dominan didapatkan pada ketiga gua tersebut yang dikategorikan saling
berkaitan antar mulut gua. Temuan tersebut tersebar pada dinding sebelah kiri gua pada bagian terang gua. Selain itu juga terdapat artefak batu inti (core) yang terdapat pada dinding sebelah kanan yang terletak pada bagian temaram gua. Serta terdapat tulang yang diidentifikasi sebagai tulang binatang yang berukuran besar.
