Gua Keboboh menempati kaki bukit pegunungan Gergaji sisi barat, kecuali mulut Gua Keboboh Atas pada bagian utara Gua Keboboh. Mulut satu berada pada lereng tengah Pegunungan Gergaji. Secara administratif terletak di kawasan Marang, Desa Tepian Langsat, Kecamatan Bengalon, Kabupaten Kutai Timur. Gua terdekat pada sisi utara adalah Gua Tebor berjarak sekitar 70 meter dan Gua Mentis pada bagian selatan berjarak sekitar 180 meter. Jarak mulut pada bagian atas sampai pada mulut ketiga pada bagian selatan sekitar 485 meter. Untuk sampai ke gua tersebut hanya dapat diakses dengan berjalan kaki dari basecamp Muara Marang (berada pertemuan sungai Marang dan sungai Jele) ke arah tenggara menyusuri tepian sungai Marang berjarak ±450 meter dengan waktu tempuh 15 menit.
Penamaan Gua Keboboh terdapat beberapa versi; pertama, Keboboh berarti “berbau busuk” hal ini wajar mengingat di dalam Gua Keboboh masih banyak terdapat kelelawar yang mengeluarkan bau busuk baik dari badannya maupun dari kotorannya. Kedua, “Kebobo-boboh” diartikan oleh masyarakat sekitar sebagai beras, dimana batu-batu yang ada di gua tersebut menyerupai butiran beras yang berserakan. Ketiga diartikan“Keboboh” adalah gua yang memiliki banyak muara atau mulut gua.
Gua Keboboh terdiri atas atas tiga ruang gua yang besar masing-masing disebut Keboboh 1, Keboboh 2, dan Keboboh 3. Ketiga ruang gua ini berada dalam satu lintasan yang panjangnya tidak lebih dari 500 m dirunut dari bagian utara ke bagian selatan. Ruang dalam gua dihubungkan dengan sistem lorong, dimana masing-masing ruang dapat diakses dari ketiga mulut yang berada pada bagian barat, begitupun pada ruang bagian atas di sisi utara namun dengan akses yang cenderung sulit dengan tebing yang cukup curam dengan lebar tidak lebih dari 1 meter, akses termudah memasuki ruang bagian atas pada bagian atas dapat diakses melalui mulut pada bagian utara dengan menyusuri kaki bukit sampai ke lereng tengah dari Pegunungan Gergaji sisi barat dengan kemiringan 800 dan waktu tempuh ± 20 menit dari pondok pak Anus. Berikut ini akan dideskripsikan potensi arkeologis yang dimiliki oleh Gua Keboboh sebagai berikut
Morfologi dalam gua bergelombang, dari mulut gua lantai menurun kemudian menyempit karena atap gua yang menjadi rendah dan adanya bebatuan besar tidak beraturan di dalam gua. Terdapat lorong yang menghubungkan ruang gua bagian depan dengan ruang gua di belakangnya. Ruang depan dasar gua relatif lapang dengan langit-langit gua terbentuk stalaktit pada mulut gua dan langit-langit sebelah kiri dan kanan, pencahayaan cukup terang, kondisi kelembaban dan oksigen cukup baik. Ruang kedua merupakan ruang gelap dengan batu-batu kapur besar pada lantainya, pada atap terdapat stalaktit, morfologi bergelombang, terdapat jendela gua yang dapat diakses dari ruang kedua ini, posisi jendela berada di atas mulut gua. Gua berbelok ke kanan yang bertemu dengan mulut Gua Keboboh 2 dan simpang Gua Kebobo 3. Morfologi luar gua, gua terletak pada tebing terjal, bila melihat ke atas dari mulut gua kemiringan tebing >90°. Dari kaki gunung ke mulut gua kemiringan ± 400. Dari kaki gunung sampai ke Sungai Marang morfologi landai merupakan dataran aluvial.
Dari hasil survei permukaan berupa moluska pada bekas kotak ekskavasi, tepatnya pada sisi kanan mulut gua. Selain itu temuan moluska ditemukan juga terkonsentrasi pada sisi kiri bagian dalam mulut gua yang berasosiasi dengan artefak batu dan artefak tulang.
Pada bagian tengah dalam mulut gua, tepatnya di 
belakang stalagmit ditemukan fragmen, gerabah, gigi binatang, tulang, dan fragmen cangkang kepiting yang berasosiasi dengan artefak yang diduga sebagai alat tulang.
Temuan yang lebih menarik juga terdapat pada lorong jalan menuju lantai dua. Temuan arkeologis berupa fragmen gerabah yang masih utuh pada satu bagian yang berasosiasi dengan moluska.
Fragmen gerabah tersebut berbahan tanah liat yang diduga dicampur dengan pecahan moluska, yang berwarna merah. Terdapat jejak pembakaran pada bagian dasar yang berwarna hitam.
