Ceruk Keboboh Atas secara administratif terletak di kawasan Marang, Desa Tepian Langsat, Kecamatan Bengalon, Kabupaten Kutai Timur. Secara astronomis berada pada X 53140054 dan Y 11870607 dengan ketinggian 122 mdpl. Arah hadap ceruk ke arah barat. Batas ceruk di utara yaitu Gua Tebor, bagian selatan berbatasan dengan Ruang Keboboh satu, sedangkan bagian timur berbatasan dengan massa karst, dan di bagian barat berbatasan dengan hutan dan Sungai Marang.
Ceruk ini memiliki tipe karst kekar lembar, dimana pada bagian barat terdapat dua buah mulut ceruk yang digunakan untuk mengakses ceruk tersebut dari arah barat, kemudian pada sisi selatan terdapat sebuah mulut yang dibatasi oleh dua buah pilar akses menuju ruang 1 (ruang bawah 1) yang cenderung curam. Pada bagian depan terdapat sebuah tangga yang terbuat dari kayu ulin yang merupakan akses menuju puncak dari menara karst pegunungan Gergaji sekaligus akses termudah menuju Gua Kurang Tahu dan Gua Landak serta beberapa gua yang menyimpan potensi sarang walet pada bagian pegunungan Gergaji.
Kondisi lantai ceruk cenderung landai dengan warna tanah berwarna cokelat bertekstur halus, dengan titik tertinggi berada pada bagian mulut gua di sisi barat. Ornamen ceruk yang ditemukan berupa stalaktit, stalagmit, dan pilar. Kondisi pencahayaan pada mulut ceruk cenderung terang, hal berbeda yang dijumpai pada bagian dalam yang cenderung temaram kecuali pada mulut bagian selatan yang cenderung terang.
Berdasarkan studi literatur Ceruk Keboboh Atas telah diteliti oleh Balar Banjarmasin bekerjasama dengan Puslit Arkenas dengan melakukan ekskavasi pada bagian dalam gua, hasil dari kegiatan tersebut ditemukan antara lain rangka manusia dan fragmen gerabah.Temuan arkeologis yang diperoleh dari hasil survei permukaan berupa konsentrasi berada pada sisi kanan gua berupa temuan fragmen gerabah berwarna hitam polos pada bagian luar terdapat bekas jelaga. Selain temuan tersebut juga ditemukan cangkang moluska yang terkonsentrasi pada permukaan lantai ceruk sebelah kiri.
