Gua Fosil memiliki dua lantai, lantai gua bagian bawah landai, dengan sebaran batuan lepas di lantainya. Morfologi luar gua dari kaki gunung hingga mulut gua dengan kemiringan lereng 760, dari mulut gua ke atas kemiringan lereng 900. Merupakan gua terluar sisi selatan dari yang teridentifikasi saat ini. Situs terdekat adalah Ceruk Jon di sisi utara. Pencahayaan terang di seluruh bagian gua.
Batas geografis di sebelah selatan adalah massa karst, sedangkan di bagian utara berupa hutan, di sebelah timur hutan dan sungai Meretam, di bagian barat berupa hutan dan sunga Jele’.
Temuan arkeologis pada gua tersebut adalah moluska yang berasosiasi dengan tulang – tulang binatang yang terletak pada permukaan dinding sebelah kanan dan pada dinding sebelah kiri.
