Gua Keboboh terdiri atas atas tiga ruang gua yang besar masing-masing disebut Keboboh 1, Keboboh 2, dan Keboboh 3. Ketiga ruang gua ini berada dalam satu lintasan yang panjangnya tidak lebih dari 500 m dirunut dari bagian utara ke bagian selatan. Ruang dalam gua dihubungkan dengan sistem lorong, dimana masing-masing ruang dapat diakses dari ketiga mulut yang berada pada bagian barat, begitupun pada ruang bagian atas di sisi utara namun dengan akses yang cenderung sulit dengan tebing yang cukup curam dengan lebar tidak lebih dari 1 meter, akses termudah memasuki ruang bagian atas pada bagian atas dapat diakses melalui mulut pada bagian utara dengan menyusuri kaki bukit sampai ke lereng tengah dari Pegunungan Gergaji sisi barat dengan kemiringan 800 dan waktu tempuh ± 20 menit dari pondok pak Anus. Berikut ini akan dideskripsikan potensi arkeologis yang dimiliki oleh Gua Keboboh sebagai berikut:
Ruang Keboboh 2 bagian dari Gua Keboboh mulut gua yang ke 2. Lantai gua relatif datar, jarak 39 m dari mulut gua terdapat ruang gua yang luas yang merupakan persimpangan ruangan dari 3 mulut Gua Keboboh. Tinggi langit-langit tertinggi 29 m. Pencahayaan semakin ke dalam semakin berkurang. Pada mulut gua terdapat stalaktit dan stalakmit.
Trend temuan yang ada adalah moluska dengan beragam jenis yang berhabitat pada air tawar Gastrophoda. Temuan tersebut pada bagian pantat atau bagian ekor yang terpotong mengindikasikan adanya bekas konsumsi. Ukuran dan warna moluska tersebut beragam dari yang terkecil hingga terbesar serta warna putih dan coklat. Kondisi temuan moluska sendiri sudah rusak karena dibalut dengan lumut dan juga sudah aus. Temuan artefak batu, juga ditemukan berasosiasi dengan moluska pada pelataran Gua Keboboh 2.
