Stasiun Kaliwunggu terletak di jalan Stasiun Kampung Sabrang, Desa Kuthoharjo, Kecamatan Kaliwunggu, Kabupaten Kendal. Stasiun ini berbatasan dengan pemukiman penduduk. Bangunan stasiun cenderung terawat walaupun ada kerusakan minor. Stasiun kaliwunggu pernah dipugar oleh PT. Kereta Api Indonesia (Persero).
Keberadaan Stasiun Kaliwungu tidak terlepas dari jalur kereta api perusahaan Semarang – Cheribon Stroomtram Maatschappij lintas Semarang Cirebon. Jalur Kalibodri – Weleri yang berjarak 9 Km, merupakan jalur kereta api dari perusahaan Semarang – Cheribon Stroomtram Maatschappij lintas Semarang Cirebon. Jalur ini dibuat atas dasar Gvt. Besi 28 November 1869 No. 11 dan dibuka pada tanggal 1 November 1897. Jalur Weleri – Pekalongan sejauh 49 Km dibuka pada tanggal 1 Desember 1898. Sedangkan jalur Weleri _ Besokor yang berjarak 4 Km dibuka pada tanggal 1 April 1901. Tidak diketahui kapan atau mengapa jalur ini ditutup, namun kemungkinan karena di bongkar oleh Kekaisaran Jepang pada tahun 1943 saat masa pendudukan Jepang. Saat itu, Jepang memang sedang mencari bahan material untuk perang sehingga banyak jalur kereta api di Indonesia dibongkar.
Stasiun Kaliwungu berada di permukiman penduduk, dan memiliki denah yang hampir sama dengan Stasiun Mangkang, Semarang. Stasiun ini bergaya kolonial dengan konstruksi kayu. Stasiun Kaliwungu terletidak lebih kurang 1,4 m di bawah peron/rel. Bangunan ini memiliki atap limasan yang terawat dengan baik. Material atap terbuat dari genteng dan seng. Bangunan ini masih terjaga keasliannya, walaupun beberapa unsur bangunan telah diganti. Bangunan tambahannya adalah ruang PPKA. Stasiun Kaliwungu memiliki emplasemen yang sangat sempit, selebar 2,2 m dengan konstruksi kayu yang masih asli. Terdapat bangunan tandon air berdenah segi 6 yang sudah tidak berfungsi lagi. Secara umum, layout Stasiun Kaliwungu sudah banyak berubah, terutama dengan adanya rumah-rumah yang berhimpitan di seberang stasiun. Dari stasiun ini, dahulu terdapat percabangan rel menuju Kota Kendal. Setelah itu, percabangan ini akan berakhir di Stasiun Kalibodri. Sekarang, jalur tersebut tidak digunakan lagi.
