Museum SUBKOSS pertama kali dibangun pada tahun 1925 bersamaan dengan pembangunan jaringan rel kereta api, kantor pos, city square, rumah sakit, dan governement. Pada awalnya, museum ini difungsikan sebagai rumah controleur dan mulai ditempati oleh Controleur De May pada tahun 1933. Setelah Lubuklinggau jatuh ketangan Jepang pada tanggal 30 Desember 1945, Museum SUBKOSS kemudian difungsikan sebagai Bun Syuco Kato (pemimpin Jepang pertama di wilayah ini bernama Kato). Pasca kemerdekaan, bangunan ini dijadikan Markas Komando Sumatera Selatan di bawah Panglima M. Simbolon. Beberapa tahun setelahnya, yakni tahun 1950 bangunan ini ditempati oleh Bupati ketiga bernama Abdul Aziz. Pada tahun 1988, bangunan ini mulai difungsikan sebagai museum hingga sekarang.
